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乳房炎是奶业生产中的一种常见病，不但发病率很高（25～60％），而且每年给世界各国奶牛饲养者造成严重的经济损失。乳房炎的影响因素很多，但遗传因素对其起着重要作用。Toll样受体家族是最近新发现的一类受体家族，在动物的先天性免疫过程中发挥作用，已有研究证明Toll样受体通路中的多个基因和机体的免疫有关。本研究利用分子生物学和生物信息学相结合的方法，克隆NFKB1基因全长mRNA序列，获得了NFKB1基因和蛋白的相关信息，并采用PCR-RFLP方法分析TLR2基因的遗传变异，选用SAS一般线性模型对TLR2基因第2外显子发现的多态位点和3个奶牛品种中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛体细胞评分（SCS）进行相关分析，得到了如下的结果：1．以小鼠和人的同源基因cDNA为探针，从GenBank中查找牛同源性EST，以这些EST构成的重叠群（contig）设计引物，并结合RT-PCR和RACE技术获得NFKB1基因全长cDNA，GenBank登陆号是DQ464067，序列全长3837bp，包含2910bp开放阅读框，两翼有84bp 5’非翻译区、814bp 3’非翻译区和30bp poly（A）。对NFKB1基因推导蛋白质AA，此基因编码969个AA。将NFKB1蛋白质提交到NCBI网站的Conserved Domain Database，进行蛋白质保守域的预测，结果与实际的功能相符。2．TLR2基因（NCBI登录号：NM174197.2）多态性和3个奶牛品种体细胞评分（SCS）相关性（1）TLR2基因385位点PCR-RFLP分析结果表明：385位点T／G突变造成EcoRV酶切多态位点，引起蛋白质氨基酸天冬氦酸／谷氨酸变化。该酶切多态位点表现为3种基因型AA（241bp／207bp）、AB（448 bp／241 bp／207bp）利BB（448bp），此位点中国荷斯坦奶牛和三河牛A等位基因占优势，而中国西门塔尔牛B等何基因占优势。（2）TLR2基因398何点PCR-RFLP分析结果表明：398位点存在G／A突变，通过创造一个HaeⅢ酶切位点对此多态位点进行群体分析。该酶切多态位点表现为2种基因型AA（90 bp／21 bp／19bp）和AB（130bp／90bp／21 bp／19bp），在试验的3个奶牛群体中未发现BB基因型。此多态位点在中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛3个奶牛品种中A等位基因占优势。（3）TLR2基因1884位点PCR-RFLP分析结果表明：1884位点存在G／A突变，引起氨基酸甘氨酸／丝氨酸之间的变化，通过创造一个HhaⅠ酶切位点对此多态位点进行群体分析。该酶切多态位点表现为2种基因型AA（188bp／22bp）利AB（210bp／188bp／22bp），在试验的3个奶牛群体中同样未发现BB基因型。此多态位点在中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛3个奶牛品种中A等位基因占优势。（4）群体遗传学分析表明：中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛3个奶牛群体住3个多态位点达到Hardy-Weinberg平衡状态，3个奶牛群体在385多态位点达到中度多态，在398和1884多态位点达到低度多态。（5）利用SAS的一般线性模型，对TLR2基因第2外显子发现的3个多态位点和3个奶牛品种中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛体细胞评分（SCs）进行相关分析。TLR2基因398和1884位点不同基因型对于3个奶牛品种乳房炎SCS差异不显著（P＞0.05），385位点不同基因型对于3个奶牛品种乳房炎SCS差异显著（P＜0.05），该多态位点BB基因型较AA、AB基因型达到显著（P＜0.05），需做更进一步分析来验证BB基因型是否可能为抵御乳房炎的有利基因型。3．利用RT-PCR技术检测了TLR2和NFKB1基因在荷斯坦奶牛成年牛乳腺、卵巢、肝脏、肌肉、小肠、脂肪、子宫、肾脏、心脏、肺、胰脏、睾丸12个组织中表达量情况。结果分析发现：TLR2基因和NFKB1基因在所检测的12个组织中均表达，但在不同组织中表达量存在差异，为进一步定量PCR分析提供依据。