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遗传图谱构建是当前植物遗传研究的热点，但林木遗传图谱构建中存在密度较低、共显性标记不多、基于功能基因的标记缺乏等问题，如何开发共显性的、基于功能基因的分子标记并用于林木遗传图谱构建是急需解决的问题。桉树在全球范围内是重要的造林树种，也是林木遗传研究的模式树种，其遗传图谱构建具有重要的理论意义和应用价值。 利用从GeneBank下载的细叶桉54条EST序列，进行了引物设计和PCR扩增条件优化，有35对引物能成功进行PCR扩增。利用30种限制性内切酶对可成功PCR扩增的35个EST序列在尾叶桉×细叶桉F1作图谱系的多态性进行了筛选，分析了EST-CAPS标记的分离方式，并将多态性的EST-CAPS标记整合到尾叶桉和细叶桉的RAPD遗传图谱上。 分离方式研究中，有7个EST序列可用合适的限制性内切酶酶切并在作图谱系中产生多态性，即产生EST-CAPS标记，其中5个EST-CAPS标记呈1∶1的分离，包括1个偏离孟德尔分离（α=0.05）；另外2个EST-CAPS标记呈1∶1；1∶1的分离，且均符合孟德尔分离。孟德尔正态分离的EST-CAPS标记比例达85.7％，偏分离标记比例为14.3％，表明EST-CAPS标记是一种可靠的遗传标记，可用于桉属树种遗传图谱构建和相关研究。 在分离方式研究的基础上进行了遗传图谱构建的研究，运用作图软件Mapmaker3.0将EST-CAPS标记整合到已构建的RAPD遗传图谱上，结果表明：3个EST-CAPS标记分别整合到尾叶桉的第1、11和15连锁群上，标记EST-CD668626与3个原RAPD标记组成新的连锁群，基于RAPD-CAPS的尾叶桉新图谱包含24个连锁群，新增连锁群1个，总遗传图距1546.1cM，标记间的平均距离为10.8cM。另有1个偏分离标记未能连锁到任何连锁群上。整合4个EST-CAPS标记后的细叶桉新图谱总遗传图距1122.5cM，分布于23个连锁群上，标记间的平均距离为10.2cM。4个标记分布于第6、7、8和第10连锁群上。基于RAPD-CAPS的尾叶桉和细叶桉新图谱，遗传总图距分别增加了41.5cM和87cM；各自覆盖原来估计基因组全长的97.5％和74.5％。因此，EST-CAPS标记技术可有效用于遗传图谱的构建，可以为桉树及其它树种提供研究参考。