随着经济全球化的发展,资本跨境投资已经成为常态,非居民企业间接转让股权的现象越来越普遍。由于股权间接转让的交易模式具有极强的隐蔽性,因此成为许多非居民企业的避税手段,这也使得非居民企业间接股权转让问题成为国际税收领域的关注焦点之一。为了维护国家税收主权,各国税务机关也在不断探索非居民企业间接股权转让的税收管理机制,取得了一定的成果。我国税务机关也陆续出台了一系列规范性文件,对非居民企业间接股权转让行为进行合理约束。但是,从我国的税收实践来看,现行非居民企业间接股权转让所得税管理还存在一些问题,有着一定的改进空间。本文结合案例分析,对我国非居民企业间接股权转让税务管理的制度和征管问题进行分析,发现对我国非居民企业间接股权转让行为的征税在制度上存在法律法规体系不健全、代持股问题规定模糊、合理商业目的判定困难、间接股权转让所得计算方法不完善等问题,在征管上存在税收征管困难、国际税收协调机制不健全的问题,并针对性的提出在制度上构建健全的税法体系、明确代持股问题、准确判定合理商业目的,在征管上完善非居民企业股权转让税源监管制度、健全国际税收协调制度等加强我国非居民企业间接股权转让所得税管理的建议。