基于DNA甲基化的急性T淋巴细胞白血病分子亚型分析

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急性T淋巴细胞白血病(T cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)是一种免疫表型高度异质性的血液系统恶性克隆性疾病。基因组DNA甲基化修饰变化是T-ALL重要的表观遗传学调控方式,在正常和肿瘤细胞中维持稳态。近年研究证实,在T-ALL发生发展进程中DNA甲基化转移酶DNMT家族和去甲基化酶活性的TET蛋白家族持续动态调节各亚型细胞群,维持异质性特性中发挥重要作用。但是T-ALL细胞分子异质性维持机理、细胞来源、维持细胞属性的研究尚未见报道,因此基于DNA甲基化重新分类鉴定T-ALL细胞,并探索机理具有重要研究意义。本研究旨在利用生物信息学研究方法,揭示DNA甲基化在T-ALL细胞异质性发生演化及其维持中的潜在的调控机理。我们首先进行分析了T-ALL和AML的表达谱,发现DNA甲基化修饰酶相关的命运决定因子NOTCH2和CBX2可能参与T-ALL发生发展和谱系分化,并通过T-ALL细胞系BE13、Jurkat、Molt4、RPMI-8402表达验证得到一致的结果。接下来通过65名T-ALL患者的DNA甲基化图谱进行筛选具有生物学意义的启动子差异甲基化区域(Differentially Methylated Region,DMR)作为细胞分型的基础条件,并通过聚类分析发现8种T-ALL细胞亚型群。接下来为了揭示细胞的祖先,利用T细胞发育阶段的细胞转录谱对比分析。根据基因群CIMP分布、功能富集发现Cluster 2、4、7亚型显现出造血祖细胞源性特征,其他亚型可能源于T细胞的其他发育阶段。Cluster 2、4、7存在特异性DMR上游基因群,为了确定受DNA甲基化修饰酶调控的基因,将其与DNMT/TET家族成员做了相关性分析,发现这些基因在T细胞发育中主要受DNMT1和TET3酶的调控。之后我们分析了Cluster 2和7 DMR上游基因群的转录因子靶点,构建了PPI网络,预测并验证甲基转移酶或去甲基化转移酶与转录因子的竞争或协同关系。本研究通过甲基化结合细胞特异性转录谱识别T-ALL身份,明确DNA甲基化修饰酶在身份认知与命运调控过程中的潜在机制,阐明克隆性、异质性的白血病的表观遗传机制,为白血病的个体化诊疗奠定理论依据。
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