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由于动物学家和植物学家们各自的观点不同，甲藻的分类系统的变动较为频繁，因此厘清甲藻的分类地位，获得一个合理而清晰的分类系统是甲藻研究的关键和基础，具有十分重要的意义。本文介绍了甲藻几次较大的分类地位的变革，对国内外甲藻分类学的历史沿革进行了综述。为更好地促进国内甲藻分类学研究，本文对甲藻分类体系进行了修订。主要修订有：将凯伦藻属(Karenia)、卡罗藻属(Karlodinium)和塔卡藻属(Takayama)3个属从裸甲藻科(Gymnodiniaceae)中分出，单独成凯伦藻科(Kareniaceae)；角藻属(Ceratium)中的大部分海洋种改为新角藻属(Neoceratium)；亚历山大藻属(Alexandrium)从屋甲藻科(Goniodomataceae)中分出，归入膝沟藻科(Gonyaulacaceae)；取消异沟藻科(Heteraulacus)，由屋甲藻科取而代之；成立2个新目，即尖尾藻目(Oxyrrhinales)和梨甲藻目(Pyrocystales)。角藻科是甲藻中的第一大科，种类繁多，形态各异。现有的《角藻志》虽然所包含的物种信息较为全面，但其中对变种和变型的描述纷杂，尤其是在新角藻属已获得国际分类数据库认可之后，《角藻志》中的分类系统面临着更新、梳理和完善等工作。本研究通过收集国家海洋局第一海洋研究所近年来在中国近海海域进行调查时所获得水样和网样标本中的新角藻个体，采用活体和固定标本显微观察及壳板解离等手段，对58种新角藻属的个体编制了分类检索表，共手绘图谱60余幅，拍摄近40张彩色照片。此外还对形态比较相近的种类进行了形态学上的区别和划分，梳理了包含变种较多的新角藻种，并补充了4种《角藻志》中没有记录和划分不同的种。