2011年《刑法修正案(八)》取消了重大环境污染事故罪,刑法第338条确定罪名为污染环境罪,污染环境罪在构成上相比重大环境污染事故罪发生了很大变化,通过扩展适用范围、降低入罪门槛的方式,极大地增强了《刑法》的威慑力。新的罪名的确立,不仅仅是名称上的变更,其司法认定上的诸多问题都是亟待解决的问题。笔者通过分析探讨其面临的司法疑难问题,分析其在司法实践中如何适用。论文共分三部分：第一部分通过上海检察机关首次适用污染环境罪处理蒋某、董某的倾废行为的案例,肯定了污染环境罪取代重大环境污染事故罪的巨大进步；同时,以环境刑法立法先进的德国为标准,在法条构造、立法方式、未遂处罚、加重处罚及过失规定方面与我国进行对照,以期对探讨我国刑法规定的污染环境罪有所启示。第二部分分析污染环境罪在适用中存在的问题,由于犯罪难以认定、司法理念落后、司法解释不到位、“以罚代刑”严重、现行刑事诉讼制度存在弊端等情况导致污染环境罪适用面临诸多司法困惑,包括因果关系的推定、刑种单一问题、自由刑畸轻问题、同案不同判、环境损害结果的计算标准难以明确、附带民事诉讼的提起主体难以确定等。第三部分对污染环境罪的理解与适用进行研究。司法机关认定和处理污染环境罪刑事案件的过程中应树立环境刑事司法整体观念,需坚持刑事惩治与风险预防并重,环境刑法扩展与谦抑相统一,环境风险利益的综合平衡,刑法与刑事诉讼法的有效衔接四原则。其次对污染环境罪的构成要件进行探讨分析。再次提出对恢复性司法的适用进行构建变革、最后,提出创新环境刑事诉讼制度,以便污染环境罪得到更好更有效的适用。