肝细胞肝癌中miR-122异构体表达特征研究

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目的探讨肝细胞肝癌中miR-122异构体表达特征及与临床特征相关性。方法自TCGA数据库官网下载肝癌数据集miRNA异构体表达数据(Level3)及临床特征数据。根据TCGA样本编号命名规则筛去重复样本、癌旁组织、非肝细胞肝癌等,有362例样本作为研究对象。依据miRNA异构体命名规则及miRBase、UCSC数据库对miRNA异构体进行识别与命名。筛除表达量较低的mi RNA异构体并利用RPM对mi RNA异构体表达量进行标准化。利用卡方检验、Fisher确切概率法、Wilcoxon和Kruskal秩和检验等分析miRNA异构体表达与临床特征相关性分析,所有数据采用R语言处理。结果研究发现肝细胞肝癌一共表达445种mi RNA,67.8%miRNA平均表达异构体数目小于1,22.2%mi RNA平均表达异构体数目大于2。miR-122表达量最高,占肝细胞肝癌miRNA表达总量的39%。miR-122-5p、miR-122-3p在肝细胞肝癌中表达数目中位数分别是6、1,样本间miR-122异构体表达数目有一定差异。肝细胞肝癌中miR-122-5p异构体3’端相对于5’端变化更大。肝细胞肝癌中miR-122-5p共有14种不同异构体,mi R-122-5p原型表达量低于其异构体mi R-122-5p0|1;miR-122-3p一共有8种不同异构体,表达量最高的为miR-122-3p原型。肝细胞肝癌中miR-122异构体表达数目与慢性HBV感染不相关,miR-122-5p 1|1、miR-122-3p-1|0表达量与慢性HBV感染相关。肝细胞肝癌中慢性HCV感染及慢性肝硬化与mi R-122异构体表达数目及表达量不相关。肝细胞肝癌中miR-122-3p异构体表达数量与性别相关,并且男性中mi R-122-3p异构体表达数量较高,miR-122-5p 0|0、miR-122-5p 0|1、miR-122-5p 0|2表达量与性别相关,并且男性表达量较高。肝细胞肝癌中种族差异与mi R-122-3p异构体表达数目有关,miR-122-5p 0|1表达量与种族相关。结论在肝细胞肝癌中不同miRNA表达异构体数目不同且存在个体差异性,miR-122-5p异构体3’端差异性较5’端大,miR-122-5p原型表达量低于其异构体。肝细胞肝癌中miR-122异构体表达与慢性HBV感染、性别及种族相关,与慢性HCV感染和肝硬化不相关。
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