【摘 要】
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背景宫颈癌是严重威胁全球女性健康的恶性肿瘤之一,此研究关注于宫颈癌发生发展过程中相关基因的生物学机制,并挖掘具有生存预测价值的基因。方法提取GEO数据库中宫颈癌组织及正常组织的基因表达数据,从TCGA中提取宫颈癌患者转录组测序数据、临床数据、生存时间以及生存状态信息;分析宫颈癌患者的基因表达差异情况;通过clusterprofiler包对差异基因进行功能富集分析;STRING数据库构建蛋白互作网络
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背景宫颈癌是严重威胁全球女性健康的恶性肿瘤之一,此研究关注于宫颈癌发生发展过程中相关基因的生物学机制,并挖掘具有生存预测价值的基因。方法提取GEO数据库中宫颈癌组织及正常组织的基因表达数据,从TCGA中提取宫颈癌患者转录组测序数据、临床数据、生存时间以及生存状态信息;分析宫颈癌患者的基因表达差异情况;通过clusterprofiler包对差异基因进行功能富集分析;STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape进行构建网络的可视化;构建Cox比例风险回归模型研究宫颈癌中差异基因的预后价值,根据Cox回归模型中的风险回归系数构建风险评分系统;纳入具有统计学意义的临床指标绘制用以预测宫颈癌患者1年、3年及5年生存概率的列线图,并对列线图预测能力的准确性及患者受益情况进行验证与评价;通过GSEA对高风险评分患者进行功能富集分析。结果分析得到的139个差异基因显著富集于DNA复制、双链断裂修复、细胞迁移、嘧啶代谢等功能及通路当中,并在细胞周期、易位DNA合成终止、角质化包膜形成、DNA复制、有丝分裂细胞周期调控以及翻译蛋白质磷酸化的蛋白质功能区域中作用密集。单因素分析显示139个差异基因中有22个基因与患者预后相关（P＜0.05）。多因素分析显示PLOD2、SPP1及GINS2是影响宫颈癌患者预后情况的独立影响因素（P＜0.05）。通过多因素Cox分析构建了由PLOD2、SPP1及GINS2组成的预后模型,并依据基因的回归系数及基因表达量建立风险评分系统。验证表示该评分系统是影响宫颈癌患者预后情况独立影响因素;且评分高的患者较评分低的患者具有更差的预后（P＜0.001）。纳入风险评分、年龄、FIGO分期及BMI值构建列线图,其一致性指数为0.732。绘制ROC曲线,表明1年、3年和5年生存率预测AUC值分别为0.73、0.70和0.71。DCA曲线表明,纳入风险评分的预后模型（曲线下面积0.0186）相较未纳入风险评分的模型（曲线下面积0.0148）对患者有较高的净获益。GSEA分析表明高风险患者所表达的基因显著富集于自噬调节、卵母细胞减速分裂、WNT信号通路、NOTCH信号通路等。结论PLOD2、SPP1及GINS2是宫颈癌患者的独立预后因素,具有潜在的预后预测价值。本研究构建的列线图预测宫颈癌患者的生存概率具有较好的准确性。
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