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越来越多的科学研究以及个体化医疗需要发展新一代的更廉价、更快速的DNA测序技术。第二代测序技术是目前使用最广泛、最成熟的高通量测序技术,从可靠性和准确性上得到了充分的证实。研究表明microRNA参与了一系列的重要的生理过程,microRNA研究已经成为生物领域新的研究热点。但是目前检测非编码小RNA的主要手段是基于生物芯片或者荧光定量PCR,芯片的方法结果是半定量的,不能区分高度类似的microRNA;而荧光定量PCR检测大样本量的microRNAD时,显得非常繁琐。
高通量测序非常适合于小分子RNA或非编码RNA(ncRNA)的研究,能较好地解决芯片技术在检测小分子时遇到的技术难题(短序列,高度同源),而且小分子RNA正好配合了高通量测序的长度,同时测序的方法还能在实验中发现新的小分子RNA。
本文围绕第二代测序技术,进行了血浆microRNA提取研究、microRNA测序文库制备的工作。在此基础之上使用高通量测序技术对先兆子痫病人胎盘和血浆的microRNA进行研究。本文主要工作如下:
一、血浆microRNA提取研究
作为在血浆中含量非常稀少的小分子核酸,血浆microRNA的特性还不被知晓。既往实验为了提取到合格质量的microRNA,往往使用大样本的血浆,结果也常常很不稳定。而第二代高通量测序技术对提取的血浆microRNA的质量有较高的要求。
我们综合比较了传统TRIZOL法和玻璃纤维柱法提取的血浆microRNA的质量,认为使用玻璃纤维柱提取血浆microRNA是更为可靠的方法,从而为构建高质量的microRNA测序文库制备打下坚实的基础。此外,我们还研究了血浆microRNA的稳定性。发现血浆microRNA在煮沸、反复冻融,甚至RNase酶的作用下均能保持相当强的稳定性。
二、microRNA测序文库制备方法研究
现在国内microRNA测序文库制备还依赖于进口试剂盒,给国内的microRNA研究带来了不便。成功的microRNA测序文库制备对于测序结果的重要性不言而喻,尤其是在microRNA表达谱的研究上。好的文库制备能维持较高的保真度,能够反映出真实的生物学意义。我们分别使用双链接头或者单链接头对microRNA进行连接、逆转录,以及PCR扩增,在这个过程中优化了反应条件,最终使用一端封闭的单链接头方案,制备出接近于进口试剂盒质量的microRNA测序文库。
三、子痫病人胎盘和外周血microRNA测序
子痫(preeclampsia)是一种以孕期高血压和蛋白尿为特征的疾病,其发病机理还未清楚。本文通过对子痫病人胎盘的microRNA进行测序并结合荧光定量PCR,发现有106种microRNA在PE病人胎盘中下调,51种在PE病人胎盘中上调:19号染色体上的19q13.42microRNA簇在胎盘中呈高度的共表达,且在PE病人的胎盘中表达显著提升。研究结果提示这个基因簇有可能对于PE的发生发展有重要的作用,19q13.42microRNA簇有可能参与调控了VEGFA/sFlt-1通路,并可能进一步在PE病人的胎盘中沉默肌联蛋白(TTN)的表达。