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MicroRNAs (miRNAs)是一类长度约22 nt,能够在转录后水平负调控基因表达的非编码RNAs。他们在机体生长发育,细胞增殖和分化,细胞凋亡和新陈代谢等生物学过程中扮演了重要的角色。为了更好的理解他们在生物学进程中的作用,q-PCR技术被广泛应用于miRNA表达谱研究。为了获得可靠的q-PCR数据,内参基因被广泛应用。理想的内参基因应是在不同发育阶段的所有组织中都能够恒定的表达,然而,没有任何一种内参基因能够在所有的实验条件下均恒定表达,因此,q-PCR实验中内参基因的表达稳定性需要预先进行评估和验证。在本研究中,我们选择13个在猪的miRNA定量中常被用作内参的基因(5S,Met-rRNA,ssc-miR-16,ssc-miR-17,ssc-miR-23a,ssc-miR-24,ssc-miR-27a,ssc-miR-103,ssc-miR-106a,ssc-miR-107,ssc-miR-186,ssc-miR-221和U6),通过EvaGreen q-PCR法分别比较其在47个不同组织,10个脂肪组织和4个肌肉组织中的表达差异,然后利用geNorm软件评估这些基因在三个不同样本分类中的表达稳定性(M)和配对变异分析(V),以确定猪不同样本分类中最优的内参基因。结果显示：(1)通过内参基因的表达稳定性分析,在全部47个组织中,有7个内参基因的表达显示出可靠的稳定性(M<1.50),其中ssc-miR-17/ssc-miR-103是最稳定的两个内参基因(M=0.997)；在10个脂肪组织和4个肌肉组织中,分别有12个和11个内参基因的表达显示出很好的稳定性,其中ssc-miR-17/ssc-miR-107(M=0.374)和ssc-miR-17/ssc-miR-23a(M=0.271)表达最稳定。而在三个不同样本分类中,U6的表达都是最不稳定的。(2)通过内参基因的配对变异分析,理论上,研究发现在47个组织中,当选用11个(V=0.183)基因作为内参基因时具有最低的矿值,而在10个脂肪型组织和4个肌肉型组织中,则分别是5个(V=0.096)和6个(V=0.110)内参基因具有最低的矿值。综合考虑经济因素和实验可行性,推荐使用3个最稳定的内参miRNA进行标准化因子(NF值)计算：在47个组织中,推荐使用ssc-miR-17,-103和.107,而在10个脂肪组织和4个肌肉组织中,则建议分别用ssc-miR-17,-107和-24,ssc-miR-17,-23a和.103作为内参基因组。(3)通过对建议的3个最稳定的内参基因和最理想数目的内参基因在这三个不同样本分类中的NF值的相关性进行分析,发现他们相关性很高(r≥0.841,p<0.01),证明选用3个最稳定的内参基因足以能够精确地标准化miRNAq-PCR数据。我们相信本研究的结果将为其他同样进行猪miRNA组织差异表达的研究提供有价值的参考。