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PCV-2可造成感染猪群的免疫抑制,降低猪群对其他疾病的抵抗力及对疫苗的免疫应答能力,容易并发或继发其他疾病。目前,PCV-2在猪群中广泛流行和传播,已经给全球养猪业带来了严重的经济损失。本研究为了解PCV-2在福建省猪群中的感染情况,采用TaqMan荧光实时定量PCR方法对福州、龙岩、南平、宁德、莆田、泉州、三明、厦门、漳州等地的组织样品进行PCV-2病原学检测。同时为了解福建省PCV-2流行毒株的遗传变异情况,利用PCR技术,以福州、南平、漳州、宁化、上杭、福清、诏安部分发病猪组织样品DNA为模板,分段扩增PCV-2全基因组序列。PCR产物经克隆纯化后,对目的片段进行核苷酸序列测定,并利用DNAStar序列分析软件,对9株福建流行株与GenBank国内外PCV-2分离株进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性比对。上述研究所得结果如下:1.所有检测猪场均存在不同程度的PCV-2感染,2008～2010年规模场发病猪中的PCV-2抗原阳性率分别为55.28%(293/530)、62.26%(424/681)、72.1%(328/455);散养户的发病猪群中PCV-2抗原阳性率分别为67.14%(94/140)、72.08%(253/351)、81.00%(243/300);临床健康猪群中PCV-2抗原阳性率为40.47%(291/719)、45.34%(185/408)和80.61% (420/521)。PCV-2病原学调查显示,我省猪群高度感染PCV-2,并呈逐年上升趋势。2.本实验克隆测序获得9株福建流行株,其中有4株基因组全长为1767 bp,5株长为1768 bp,与资料报道相符。9株福建流行株全基因组核苷酸同源性为95.8%～98.6%,与19株国内外毒株的同源性为93.7%～99.5%。PCV-2基因组有三个主要开放阅读框ORF1、O RF2和ORF3。9株PCV-2福建流行株与19株国内外毒株的主要开放阅读框核苷酸同源性依次为:97.0%～99.8%、88.6%～99.7%和96.2%～100%。推倒的氨基酸同源性为97.0%～99.8%、76.5%～99.6%、90.5%～100%。3. 9株福建流行株Cap蛋白氨基酸序列存在以下4个变异高频区:V1(52～90 aa)、V2(120～140 aa)、V3(60～170 aa)、V4(179～191 aa),其中前三个高变区域位于Cap蛋白主要抗原表位区。这些位点曝露于免疫压力之下,在其他因素作用下可能会诱导变异成临床致病力不同的新毒株。ORF3蛋白40～41 aa及102~105 aa为变异高频区,可能会对病毒毒力产生影响。4.应用MEGA5.03序列分析软件,采用Neighor-Joining算法,可信度Bootstrap值设为1000,利用9株福建流行株与GenBank上获取的其他45株PCV-2分离株的ORF2序列构建系统发育树。系统发育树分为PCV-2a、PCV-2b和PCV-2c三大分支,9株福建流行株中有4株为PCV-2a,5株为PCV-2b,未发现PCV-2c的流行。