氨基酸是生物功能大分子蛋白质的基本组成单位，是构成人体营养所需蛋白质的基本物质。氨基酸单体分子的物理化学性质的研究对复杂生物体系统动力学过程的认识极其关键。本文在Gaussian09程序中以量子化学的密度泛函理论(DFT)和M062X方法为主要计算方法，对苯基丙氨酸和氨基丁酸分子(GABA)进行全势能面扫描，寻找它们所有可能存在的稳定构象。氨基酸分子具有较多的转动自由度，气象单体分子存在较多的局域稳定构象，这些构象的稳定性与通过转动形成的分子内氢键以及分子内超共轭相互作用紧密相关。在文章中，我们针对苯基丙氨酸和氨基丁酸分子的稳定构型，用电子密度拓扑分析法以及自然键轨道理论研究了分子内相互作用并给出定量和定性的描述。此外，我们也分析了分子内氢键和分子内超共轭相互作用对分子稳定性的影响。分子的光电子能谱提供了分子轨道的直接测定和分子中电子结构的的信息。论文中我们应用电子传播子理论的P3近似方法(partial third-order quasipartical approximation)理论计算了这些氨基酸分子的垂直电离能，对实验上得到的光电子能谱进行了标识，并理论模拟了光电子能谱，两者都与实验符合的很好。本文主要有四章内容，第一章介绍了氨基酸分子的国内外研究现状，研究的主要理论和方法，第二章详细介绍了量子化学的理论知识，电子相关，密度泛函理论，P3近似方法等。第三章研究了苯基丙氨酸分子的稳定构象，以及苯基丙氨酸分子的分子内氢键。第四章中我们对氨基丁酸分子的稳定构象，分子内相互作用以及分子内相互作用对构象稳定次序的影响进行了研究。