研究物种间与物种内表型多样性的遗传机制是现代进化生物学的一大挑战。数千年的人工育种致使家养动物与其野生祖先相比，在形态特征、生理结构和行为习性等方面都发生了深刻的变化。这些由于驯化导致的丰富表型变异被称为驯化性状，而控制驯化性状的相关基因则为驯化基因(Domestication Genes)。研究驯化基因不但可以揭示物种的驯化历史，还能了解驯化与物种的表型、生理、行为变化间的关系。　　家猪不但具有丰富的毛色品种，且野生祖先依然存在。因此，家猪的毛色相关基因是开展驯化基因研究的重要分子标记。影响猪毛色性状的色素主要是黑色素，黑色素可分为真黑色素和褐黑色素两种。真/褐黑色素在不同品种猪被毛中的含量和分布造就了不同的毛色类型。黑素皮质素受体1(Melanocortin 1 Receptor,MC1R)基因在控制动物黑色素合成的过程中发挥着重要作用，并被证实为控制动物毛色的主效基因。前人研究表明MC1R基因在中国本土家猪中受到了强烈的人工选择作用，是一个与毛色相关的驯化基因。驯化基因常常由于连锁不平衡(Linkage Disequilibrium, LD)的原因，存在遗传搭乘效应(Hitchhiking Effect)，但具体影响的范围则无定数。　　为了探索中国家猪毛色驯化基因由于人工选择所造成的搭乘效应，本课题利用SNaPshot分型技术从猪的MC1R基因及其侧翼450kb范围内的40个SNP位点筛选出22个位点，在15头野猪与20头中国本土家猪样品中测定这22个位点的情况。通过基因频率分析，我们发现家猪和野猪在S2、S3、S4、S6、S7、S33、S35、S37这8个位点上存在显著差异(P＜0.05)。其中五个SNP位点(s3、S4、S6、S7、S33)在家、野群体间发生了高度遗传分化(Fst:0.2539-0.8182);三个SNP位点(s2、S35、S37)在家、野群体间发生了中度遗传分化(Fst:0.0526-0.1082)。SNP位点的连锁分析显示，中国本土家猪MC1R基因的S6位点与其上游23.3kb范围内的位于TCF25内含子区域的三个SNP位点(S3、S4、s5)存在强连锁不平衡(D=1，r2＞0.33)。结合课题前期研究结果:中国本土黑色家猪的MC1R基因受到强烈的人工选择，我们推测在驯化过程中，中国本土家猪的TCF25基因可能与MC1R基因的表达相关。为了进一步探讨中国本土家猪不同毛色组别的MC1R基因与上下游区域的连锁关系，我们将20头家猪分成纯黑毛色及杂毛色2个组进行连锁不平衡分析，结果显示纯黑毛色组的四个SNP位点(s3、S4、S5、S6)存在强连锁不平衡(D=1，r2＞0.33);而杂毛色组这四个位点不存在连锁。四个连锁位点的单倍型分析结果显示:野猪和家猪群体都有4种单倍型，其中家猪以“TTGA”单倍型的频率为最高(82.45％)。根据中国本土家猪不同毛色组的MC1R基因与上下游区域的连锁不平衡结果，我们推测家猪毛皮内黑色素的相对数量与分布决定了其侧翼序列搭乘效应的程度。