农业废物堆肥化过程中细菌和真菌种群是堆肥微生物的重要组成成分。微生物的种群组成及动态变化与堆肥化过程中各理化因子因子密切相关，不同理化因子对细菌和真菌的种群组成的影响大小不同。到底哪些因子对细菌和真菌种群组成影响最大，学者们基于不同的堆肥方式和研究手段得出了不同的结论。并且这些工作大都通过特定实验设计关注某单一因子对群落的影响，对堆肥基质中不同的理化因子对微生物群落的影响缺乏整体的认识。我们选用稻草秸秆、菜叶、麸皮和土壤等原料模拟农业废物堆肥，使用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术研究了堆肥化过程中细菌、真菌的种群动态变化特征。对细菌和真菌DGGE图谱去除背景噪音后进行条带匹配分析，以条带在不同泳道中亮度峰值的百分含量构建细菌和真菌的物种组成矩阵。将监测得到的堆体温度、pH、含水率、水溶性有机碳（WSC）、铵态氮、硝态氮、等6个过程因子进行标准化后构造环境因子矩阵，以去除因子量纲不同对后续多元分析的干扰。使用Canoco4.5软件对获得的细菌、真菌种群数据与堆肥过程因子进行冗余分析，研究6种理化因子及微生物生长位置和生长阶段对细菌及真菌群落结构分布的影响。通过对细菌群落结构分布的响应研究表明，微生物生长位置与生长阶段也能够很好的解释细菌群落结构的变化，通过冗余分析可知，所有排序轴的解释量高达49.3%，其中微生物生长位置与生长阶段分别解释了18.1%（P=0.03）和31.2%（P=0.04）的细菌群落结构变化；另外，堆体温度和pH是在6种理化因子中影响细菌群落结构最显著的因子，分别解释了17.2%（P=0.034）和12.0%（P=0.048）的细菌群落结构变化。通过对真菌群落结构分布的响应研究表明，微生物生长位置与生长阶段的所有排序轴的解释量高达62.3%，其中微生物生长位置与生长阶段分别解释了8.9%（P=0.0386）和53.4%（P=0.006）的真菌群落结构变化；另外，通过冗余分析可知，含水率和堆体温度是在6种理化因子中影响真菌群落结构最显著的因子，分别解释了34.1%（P=0.0020）和9.7%（P=0.0260）的真菌群落结构变化。