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隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)、毕氏肠微孢子虫(Enterocyotozon bieneusi)以及十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis,以下简称贾第虫)是三种常见的人兽共患寄生虫。这三种寄生虫除通过人-人和动物-人的直接途径感染人之外,也通过环境因素,如污染的饮用水、娱乐用水和灌溉用水等水源性传播,以及污染的菜蔬、渔产等食源性传播的方式感染人类。越来越多的研究发现,非人灵长类动物(NHPs)是这三种人兽共患病原的常见宿主,且感染非人灵长类动物的大多数基因型和亚型也存在于人类中,因此,非人灵长类动物是导致人类感染这些寄生虫的重要感染源之一。目前已有多个研究聚焦于动物园饲养的非人灵长类动物中,但少有研究探索这些病原体在集中养殖的灵长类动物中的遗传多样性和公共卫生意义。在本研究中,我们利用分子分型技术,对中国海南某商业食蟹猴(Macaca fascicularis)养殖厂的1452只非人灵长类动物,三种病原体的阳性率、虫种内部的基因型和亚型的遗传多样性进行研究,从而评估这些病原的人兽共患风险及其公共卫生意义。基于SSU rRNA位点的巢式PCR扩增,对样品中的隐孢子虫进行了阳性率和虫种检测。发现132(9.1%)个样品为隐孢子虫阳性。共发现4个隐孢子虫虫种,包括Cryptosporidium hominis(人隐孢子虫,86)、Cryptosporidiumparvum(微小隐孢子虫,30)、Cryptosporidium muris(鼠隐孢子虫,15)、和Cryptosporidium ubiquitum(泛在隐孢子虫,1)。利用gp60位点对C.hominis、C.parvum和Cubiquitum进行亚型区分仅20个样品被成功区分亚型,发现C.parvuw的亚型IIoA14G1(18)和IIdA19G1(2)属于两个已知的亚型家族。此外,C hominis仅54个样品被成功区分亚型,且大部分C.honiinis亚型属于新的亚型家族Im和In,分别与Ia和Id亚型家族基因相似,包括ImA18(38)、InA14(6)、InA26(6)、InA17(1)和 IiA17(3)。唯一一个C.ubiqui 0tumgp6阳性被证明属于XIId亚型家族。在腹泻个体中检测到的亚型主要是ImA18和IIoA14G1,而其余亚型多在无症状动物中发现。此外与C.parvum和C.ubiquitum相比,C.hominis具有较高的卵囊排泄强度,尤其是Im亚型家族的卵囊排泄强度高于其它亚型家族。基于ITS(internal transcribed spacer)位点的巢式PCR扩增,对样品中的毕氏肠微孢子虫进行了阳性率和基因型鉴定。共有461(31.7%)个样品为毕氏肠微孢子虫阳性。共检测到9个基因型,其中Type IV(236/461)、Peru8(42/461)、Pongo2(27/461)、Peru11(12/461)、D(4/461)和 PigEbITS7(1/461)在非人灵长类动物和人中都曾被发现过,而Macaque3(119/461)、CM2(17/461)和CM3(3/461)仅在非人灵长类动物中报道过。利用四个微卫星和小卫星位点对44个Type Ⅳ、24个Macaque3和20个Peru8阳性样品进行多位点基因分型(MLST),在MSI、MS3、MS4和MS7位点扩增的成功率分别为81.8%(72/88)、80.7%(71/88)、86.4%(76/88)和 89.8%(79/88)。在 88 个样品中,有 53 个在4个位点都被成功分型。基于序列和等位基因数据的系统进化分析,这些毕氏肠微孢子虫的多位点基因型(MLG)被分为四个主要亚群(SPs),非人灵长类动物宿主特异性基因型Macaque3的MLGs聚集在SP3和SP4中,表明这两个亚群是NHP宿主特异的。基于五个遗传位点的等位基因族谱数据存在基因内连锁不平衡(LD)和正的标准化关联指数(ISA),表明了食蟹猴中的毕氏肠微孢子虫具有总体克隆性种群结构。个体基因位点间聚集的不一致,表明存在遗传重组现象。基于tpi(triosephosphate isomerase),gdh(glutamate dehydrogenase)和bg(β-giardin)位点,对样品中的贾第虫进行了阳性率和基因型区分。通过PCR分析我们检测到了 469(32.3%)个贾第虫阳性样品。所有的贾第虫阳性样品的基因型都是集聚体B,在tpi,gdh和bg位点分别有8(4个已知亚型和4个新亚型)、7(6个已知亚型和1个新亚型)和7(4个已知亚型和3个新亚型)个亚型,检测到了 53个多位点基因型(MLG-B-hn01到MLG-B-hn53)。其中大部分基因型与旧世界猴子的基因相似。因此基于单位点的基因分型技术不能准确评估贾第虫的基因多样性和公共卫生意义,而基于多位点的基因分型技术使分型结果更可信。在本研究中具有腹泻症状的食蟹猴肠道寄生虫的感染率显著高于无腹泻症状个体,推测肠道原虫混合感染可能是加重食蟹猴腹泻症状的主要原因。同时幼龄食蟹猴更易感染肠道寄生虫,且多虫种感染个体大多是幼龄食蟹猴,对食蟹猴的饲养方式具有重要指导意义。以上结果有助于评估上述三种寄生原虫在集中养殖的食蟹猴中的的遗传多样性以及人兽共患风险,为控制这三种病原体在环境中传播和动物的健康养殖提供帮助。