如何依托科技创新促进农业产业升级革除长期以来存在的生产和科研“两张皮”现象,如何依托产业链创新破解产业链断链等问题,已成为我国农业科技创新面临的重要课题。协同创新作为创新管理的新范式,正逐渐成为新时期我国农业科技创新的发展方向。因此,对农业科技协同创新的一般问题进行分析,具有重要的现实意义和理论价值。本文围绕“厘清制约我国农业科技协同创新的关键问题,思考构建有序的农业科技协同创新系统,寻求破解农业科技与经济脱节以及产业链断链的协同创新机制”的研究目标。提出了“双链融合下农业科技协同创新的系统设计、运行和参量识别”的研究命题。研究内容主要从五个层面展开：(1)农业科技协同创新的国内外研究进展；(2)农业科技协同创新的必要性分析；(3)双链融合下农业科技协同创新系统的基本设计；(4)农业科技协同创新系统的运行分析：探索性案例；(5)农业科技协同创新系统的参量识别。本研究的主要结论是：(1)确定了农业科技协同创新系统设计的原则：即坚持面向农业产业需求、着眼长远发展的原则；有利于各类科技创新资源汇聚整合和农业科技创新主体互动的原则；有利于农业科技创新与成果转化的原则。在此基础上,基于系统论和协同论基本原理的指引下,对农业科技协同创新系统进行了初步设计,提出了农业科技协同创新系统应具备的基本特征：首先,农业科技协同创新(宏观／微观)系统是一个复杂的科技创新资源配置系统,依赖于不同创新主体、创新资源从封闭、分散走向整合、协同,产生协同效应或整体突变性；其次,农业科技协同创新微观系统,是由创新系统内部(即创新源系统,可进一步分为创新源系统内部、创新源系统外部)为核心、创新系统外部(创新服务系统)为辅助的多元主体协同互动的网络组织创新系统；第三,农业科技协同创新系统,强调产业链创新,依赖于而且可以实现产业链与技术链的双向融合；第四,农业科技协同创新微观系统,依赖于产学研的深度合作,更需强调和提升企业在农业科技创新中的地位和作用。第五,农业科技协同创新微观系统中创新源系统(特别是创新源系统内部)应具有组织结构柔性弹性。(2)基于探索性案例对农业科技协同创新系统的运行情况进行了研究,统计分析发现：首先,有必要发挥创新系统内各参与主体的特点,正确认识和处理企业与高校和科研机构在科技创新中的理念、述求等层面的差异；其次,有必要处理好示范工程内外部各种关系,特别是创新源系统与政府／金融机构的关系,创新源系统内部各参与主体之间竞争与合作的关系；第三,有必要创新“产学研(用)”的连接形式、合作方式,助推农业产业链与技术链双向融合；第四,有必要建立协同创新的长效机制,提升农业科技协同创新的实际价值；第五,有必要转变角色培育主体,构建多元化的农业科技协同创新体系；第六,有必要从创新系统内外部构建起协同创新机制,特别是建立和完善协同创新的组织管理机制、动力机制、信任机制、沟通协调机制、利益分享机制、知识产权管理机制、风险分担机制、经费管理机制、进入退出机制,以及政府支持机制、金融支持机制等,以此促进农业科技协同创新系统持续健康运行。(3)基于序参量和控制参量的内涵,运用逻辑推理和验证性分析方法对农业科技协同创新系统的参量进行识别：现阶段我国农业科技创新正处于组织系统向自组织系统转型的过程中,此阶段的序参量是农业科技体制。协同创新的增值效应则是自组织系统阶段的序参量,也是我国农业科技协同创新应该追求的目标。就现阶段来看,有必要通过序参量的作用(即农业科技体制改革创新)推动农业科技创新系统进入到更加有序的阶段(自组织阶段)。对既定的科技体制机制进行帕累托改进是现阶段我国农业科技体制改革创新的可能性路径。在微观创新系统中,协同创新的内在支撑机制和外在支撑机制是控制参量。因此,有必要强化农业科技协同创新微观系统的内在支撑机制和外在支撑机制建设,以此最大程度消除创新系统内竞争与摩擦的影响,促进农业科技协同创新系统获得正向增值。基于此,本文提出了深化农业科技体制改革、坚持产业链创新促进农业产业链与技术链的双向融合、建立和完善创新系统的内部协同机制、增加外部力量的支持、注重“产学研(用)”的连接形式、推动产学研的深入合作、强化企业在农业科技创新中的地位和作用等对策建议,以此推动和提升我国农业科技协同创新。