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目的：哨点监测2012-2013年婴幼儿轮状病毒(RV)感染基因型情况,为RV疫苗的研制和使用提供依据。方法：2012年8月至2013年10月在新疆维吾尔自治区人民医院收集5岁以下感染儿科和新生儿科住院腹泻及非腹泻患儿大便标本203份,用ELISA方法检测RV,对阳性样本提取RV核酸,应用多重RT-PCR方法进行G型(VP7)及P型(VP4)基因分型,对主要流行基因型进行基因测序,将测序结果与GenBank中所公布的核苷酸序列进行比对,分析RV流行基因型变化及其基因序列变异情况。结果：监测期间轮状病毒的总检出率为33.5%,其中感染儿科RV检出率为33.1%,新生儿科检出率为44.1%。95.5%的RV阳性患儿≤12月龄,是RV感染的主要对象,RV检出率在性别和民族间无差异。G分型：感染儿科腹泻婴幼儿以G3型和G9型为主导优势株,均占28.3%(15/53),G2型和G1型居其次,分别为7.5%(4/53)和5.7%(3/53)。G混合感染达24.5%(13/53),G未分型为5.7%(3/53),未单独检测出G4基因型；新生儿科以G9型为主要流行株,非腹泻新生儿G9型占81.8%(9/11),1例腹泻新生儿为G9型；新生儿科腹泻和非腹泻婴儿各1例均为G9型,另1例非腹泻婴儿为G9+G3型混合感染。P分型：感染儿科腹泻婴幼儿以P[8]型为主要流行株,检出率为75.5%(40/53),其次为P[4](7.5%)和P[6](1.9%),P混合型为13.2%,1例P未能分型；新生儿科则以P[6]型为主,8例非腹泻新生儿为P[6]型,另检出2例P[8]型,1例混合感染P[6+8]；腹泻新生儿1例为P[6]；腹泻婴儿1例和非腹泻婴儿2例均为P[6+8]型混合感染。G/P组合基因型：感染儿科腹泻婴幼儿主要流行基因型为G3P[8],其次为G9P[8]；新生儿科则以G9P[6]为主。序列分析表明：2012-2013年本地流行的G3型及G9型毒株序列与近年国内外及本地流行的毒株基本一致,存在婴幼儿与新生儿G9型毒株交叉混合感染现象。结论：RV仍是本地婴幼儿腹泻的主要病原,2012年-2013年主要流行G3P[8]基因型,其次为G9P[8]型。新生儿RV无症状感染普遍,以G9P[6]基因型为主。G9型感染流行及不同G9型毒株交叉混合感染的存在值得高度关注。