系统地理学是一门研究物种间及物种内不同类群间形成现有分布格局的历史原因和演化过程的学科,是了解物种的遗传分化与地理分布之间关系以及发现隐存种的重要学科。中国南方地区山脉众多、地形复杂、拥有复杂多样的地理特征,第四纪冰期气候波动和环境变化是否对该地区生物的系统地理结构和现有的分布格局产生了重大影响仍存在较大争议。小泡巨鼠(Lecopoldamys edwardsi)为广泛分布于中国南方地区的啮齿目物种,隶属于啮齿目(Rodentia)鼠科(Muridae)长尾大鼠属(Leopoldamys),该物种的模式产地为福建西部山地的挂墩。其亚种的分化为:指名亚种(L.e.edwardsi)、四川亚种(L.e.gigas)海南亚种(L.e.ha hanensis)和泰国亚种(L.e.milleti),目前缺乏系统地理学与物种隐存多样性方面的研究。本研究采集了来自7省11个采样地区的共65只小泡巨鼠标本,以线粒体基因(Cyt b,COXI)作为分子标记,分析不同地区种群之间的系统发育关系及其遗传分化,探讨小泡巨鼠的系统地理结构及其隐存多样性。本研究的目的是:(一)小泡巨鼠的遗传结构与地理分布状况是否相关;(二)小泡巨鼠的系统地理结构是否受到分布区内潜在地理障碍的影响;(三)第四纪气候波动对小泡巨鼠的种群历史动态是否产生了影响;(四)通过分子生物学手段重新探讨小泡巨鼠的分类地位,揭示其是否存在隐存多样性。本研究的结果表明:(一)广泛分布于中国南方地区的小泡巨鼠分化为明显的3个线粒体单系群,支系L1来自海南岛;支系L2包括了来自广西、广东、江西和越南的单倍型;L3包含了来自于江西、福建、湖南和浙江的单倍型;(二)小泡巨鼠具有明显的系统地理结构,其遗传结构与地理结构具有很强的相关性,系统发育树上的3个分支在地理上具有明显的分布区域和明确的界限:L1与L2被琼州海峡相隔,南岭—武夷山成为L2与L3相隔离的有效地理屏障,雪峰山成为分隔支系L3内两个亚支的分界线;(三)分布区内的复杂的地形和第四纪气候波动在小泡巨鼠的遗传分化、遗传多样性高低与分布以及种群历史动态上共同扮演了重要的角色;(四)根据系统发育关系、遗传距离(K2P)以及贝叶斯物种界定这三种方法得到的分析结果显示,L1支系为小泡巨鼠海南亚种(L.e.hainaensis),应该将其提升到种的水平,即海南小泡巨鼠(L.hainanensis)分布于江西、广东、广西和越南的支系L2为新发现的隐藏分支,是一个隐存种;支系L3为于小泡巨鼠的模式亚种(L.e.edwardsi),是真正的小泡巨鼠。本研究证实,以前分类学上的小泡巨鼠其实是一个复合体,包含了3个不同的物种。