频率源相位同步与控制技术是导航系统的重要组成部分，其性能指标直接影响到导航定位和授时精度。因此对频率源的高精度相位同步与控制技术的研究有实际意义。本文主要研究时频生成与保持系统中频率源的相位同步与控制技术。根据合作单位要求，设计了引入噪声小控制精度高的系统电路。并从两方面进行频率控制信号算法研制，主钟的控制技术和备份钟的控制技术。由于主钟是正在使用的卫星钟，因此其性能指标直接影响导航定位和授时精度。本文利用采集历史数据建模补偿来改善卫星钟的频率-温度特性。重点论述了漂移率的补偿。由于时间的单方向性，漂移率的补偿不能像温补那样进行历史数据的采集建模补偿。因此本文采取了利用掌握已知所有钟的历史数据来进行模型库的建立，最后利用待测钟与模型库中模型的相关性来取待测钟的漂移率模型。避免了钟的漂移率模型难取这一问题。为了达到在主钟出现问题时，能快速准确的切换到备份钟这一目的。本文采用了反馈算法来调节备份钟，这样一旦主钟出现问题就能快速无缝切换到备份钟。为了提高主备钟的调节控制精度，在控制DDS时，加入了相位随机抖动注入技术来改善DDS相位截断杂散。本文不仅从理论上分析了主备钟的相位同步与控制方法，而且将其应用实际之中证明了其可行性。