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本研究以分别从法国(F)、英国(E)、西班牙(S)三个国家引进我国的大菱鲆苗种为研究对象，采用RAPD和SSR两种分子标记对三个群体的遗传结构进行了研究，分析了各群体内的遗传变异，以及三群体之间的遗传分化，探讨了RAPD和SSR技术在检验大菱鲆群体的遗传结构方面具有的相关性。主要结果如下： 1．20个RAPD随机引物对每个群体各20尾大菱鲆的基因组DNA进行扩增，共获得125个重复性好且谱带清晰的RAPD标记，片段大小在200-2500bp之间，三群体的多态位点比例在12.80％～20.00％之间，Nei基因多样性指数在0.0142～0.0352之间，Shannon多样性指数在0.0423～0.0720之间。其中西班牙群体遗传多样性水平最高，英国群体次之，而法国群体最低。但总体上，三群体的遗传多样性水平均较低，种质较单一。 利用Shannon多样性指数和Nei多样性指数估算群体遗传变异的来源，Shannon多样性指数表明遗传变异有91.24％来自群体内不同个体间，8.76％的变异来自群体间；Nei多样性指数表明有88.10％的遗传变异存在于群体内个体间。两者得出一致的结论：群体间遗传分化很弱。AMOVA的分析结果进一步证实了Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数的分析结果，AMOVA的分析结果表明，群体的遗传变异有98.95％以上是由群体内个体间的遗传变异引起的，遗传变异主要来自于群体内个体间，显著性检验表明群体间的变异对总变异的影响不显著。RAPD实验结果证明我国进口大菱鲆群体内个体间的遗传变异小，群体间的遗传分化很弱。 2．利用SSR分子标记技术分析了三个群体的遗传结构。4对微卫星引物在三个大菱鲆群体中均可以扩增出清晰稳定的谱带，扩增片段的大小范围为147-333bp。其中Smax-03有4个等位基因、Smax-04有2个等位基因、Smax-01有9个等位基因、T／1TC18有3个等位基因。应用TFPGA分析软件，根据个体基因型计算三个群体中每一微卫星座位的等位基因频率，发现Smax-04在西班牙群体中表现多态，在英国、法国群体中表现单态；T／1TC18在法国群体中表现单进口大菱解苗种的遗传结构分析态，在英国、西班牙群体中表现多态。同时计算出三个大菱鲜群体的平均杂合度期望值及多态信息含量(PIC.)，法国大菱娜群体的平均杂合度期望值和多态性信息含量均最低，分别为0.2156和0.1458，西班牙大菱鲜群体的平均杂合度期望值和多态性信息含量最高，分别为0.3 107和0.24巧。三群体平均杂合度期望值从的排列顺序为S>E>F，与RAPD分析得出的Shannon多样性指数以及Nei基因多样性指数的结果一致。但总体上，三群体内个体间的遗传多样性水平均较低。 AMOVA的分析结果表明，群体的遗传变异有97.35%的变异来自于群体内个体间，必打值显著性检验表明群体间的变异对总变异的影响不显著。三群体间的遗传距离显示:三群体之间的遗传距离很小，遗传相似度很高。微卫星的实验结果同样证明我国进口大菱奸群体内个体间的遗传变异小，群体间的遗传分化很弱。 3.通过对RAPD与SSR的分析结果进行比较发现，SSR揭示的多态性要高于以PD，在遗传相似度和遗传距离上，两种方法的分析结果也有差异。SSR分析的群体间的遗传距离均比RAPD的分析结果高;遗传分化系数也有一定的差异，可能与两者检测的基因组的位置不同有关。但RAPD和SSR对于群体遗传结构的分析结果总体上是一致的。并且Mantel分析表明:SsR和RAPD技术在检验大菱娜的遗传多样性和群体遗传结构方面具有很大的相关性，表明两种检测方法均可应用于大菱娜群体遗传结构的检测方面。