赣江是江西省最长河流,鱼类资源丰富,对鄱阳湖和长江流域的鱼类多样性、生物完整性的保护及修复有十分重要的作用。近几十年来,由于赣江干流和支流水利枢纽建设逐渐增多、水域环境污染、采砂及过度捕捞等因素,使得赣江流域的水生态系统、鱼类多样性等很多方面发生变化。随着十年禁渔措施的实施,研究赣江鱼类群落及多样性变化及其机制是鱼类资源保护和科学管理的重要基础。本研究基于2016～2018年赣江的渔获物数据,采用群落系统发育学的方法探讨赣江鱼类群落结构及其构建机制,同时,于2020年10月～2021年11月在赣江中游峡江—新干段开展鱼类资源调查,分析该江段鱼类资源和鲢鳙遗传多样性,为其种质资源现状的评价、管理及合理开发利用提供科学参考。主要结果如下:1.历史和现状资料表明,赣江鱼类共有180种,其中鲤形目最多,有127种,占鱼类总种数的70.56%。近年来发现的外来种有露斯塔野鲮、麦瑞加拉鲮、罗非鱼、太阳鱼、食蚊鱼、大口黑鲈。2.基于净亲缘关系指数分析了赣江鱼类群落构建机制。在采样点尺度下,29个样点中的12个样点表现为环境过滤作用主导群落构建,17个样点表现为随机性过程主导群落构建,随机性过程（贡献率58.62%）主导赣江鱼类群落构建。区间尺度下,赣江中游表现为环境过滤作用主导群落构建,上游和下游表现为随机性过程主导群落构建,随机性过程（贡献率66.67%）主导赣江鱼类群落构建。赣江下游鱼类系统发育多样性较高,提示应重点保护下游鱼类多样性。3.赣江中游峡江—新干段近十几年建设有两个水利枢纽,该江段也是四大家鱼等鱼类产卵场,属重要的渔业生境。该江段监测到鱼类60种,隶属于5目14科44属,鲤科鱼类最多,有41种,占总种数的68.33%。优势种为鲫、银鮈、鳙和（?）。渔获物中重量占比以鳙、鲫、草鱼和黄尾鲴为主,分别为12.30%、10.50%、7.65%和6.48%;数量占比以鲫、银鮈、麦穗鱼和（?）为主,分别为19.10%、12.28%、10.49%和10.00%。渔获物的最优势体长为0-10cm,占54.11%。ABC曲线分析显示,鱼类群落以生长快、体型较小的鱼类为主,表明群落受到严重干扰,处于不稳定状态。鱼类群落结构和历史相比,没有明显变化。4.基于线粒体D-loop区分子标记分析了赣江中游峡江—新干段增殖放流后鲢鳙群体的遗传多样性。结果显示,鲢95个样本中,共检测到33个单倍型,单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.921和0.040。鳙82个样本中,共检测到18个单倍型,Hd和Pi分别为0.840和0.009。鲢鳙均呈现高Hd和高Pi水平,遗传多样性较为丰富,高于已有研究的赣江野生鲢的遗传多样性,表明增殖放流可能并未造成该段野生鲢群体遗传多样性的降低。