扁桃及其它李属物种微卫星序列(SSR)突变机制和进化模式分析

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为了研究扁桃和其它李属物种SSR的进化模式和突变机制,扁桃EST序列经序列拼接获得重叠群,利用MISA软件分别从冗余和非冗余序列中筛选SSR-EST序列。随机挑选6个EST-SSR和2个桃基因组的SSR座位对李属材料进行SSR多态性分析,对所有8个座位中栽培扁桃的等位变异进行片断回收、克隆和测序,对其中4个座位的所有等位变异进行序列分析,发现ASSR60的2个等位变异是由7个碱基缺失引起的,ASSR61座位是由于3个碱基缺失形成的2个等位变异,多处位置的碱基替换存在种的特异性。编码多聚泛素蛋白类似物基因中的ASSR4座位位于5-UTR,属于不完美3imp重复类型,等位变异是重复和侧翼区5个碱基缺失共同作用的结果。编码生长素阻遏蛋白基因中的ASSR17座位位于3-UTR,属于(AG)15重复类型,等位变异是由于AG重复和侧翼区indels所致。由此可见ASSR17座位SSR突变过程较为复杂,不能单纯用一种模型来解释。源于桃基因SSR的两个座位BPPCT010和BPPCT026等位变异集中在重复区内,但并非都是AG重复数目变化所致。核心区内打断使得较长的AG重复被分割成2个较短的片断,与平衡模型相一致。总之,通过8个SSR座位等位变异片断的序列分析证明在扁桃及其它李属物种SSR的突变过程比预期结果更为复杂,不能单纯用一种突变模型来解释,可能涉及更加复杂的进化机制。
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