木本竹类植物DNS条形码研究

来源 :中国科学院研究生院 中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:baoxiongwen
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
竹亚科是禾本科中的一个重要类群,在工业、林业、生态等方面具有重要价值,同时在我国人民的日常生活和文化生活中占据特殊重要的位置。然而,竹亚科植物由于有性生殖周期长、繁殖性状不易获得及营养性状不够稳定等诸多原因导致形态学的分类鉴定十分困难。DNA条形码技术对物种的鉴定不依赖于生物体的形态性状,在物种鉴定方面显示了重要的作用。本研究选取了CBOL植物工作组推荐的核心条形码标记片段rbcL、matK以及两个补充条形码trnH-psbA和ITS对15属32种117个木本竹类植物样本进行研究,以评价DNA条形码技术在竹类植物鉴定中的应用效果,并筛选适合木本竹类植物鉴定的DNA条形码,主要结果和结论如下:   三个叶绿体片段均具有较好的引物通用性,其PCR扩增和测序成功率均达到100%。marK引物390F和1326R,rbcL引物1F和rbcL-a_r和trnH-psbA引物trnH和psbA可作为木本竹类植物DNA条形码研究中的通用引物。ITS在木本竹类植物中扩增及测序成功率均较低,需设计本竹类植物ITS新引物以提高其通用性。   根据四个DNA片段加上ITS2的评估,核糖体ITS片段具有最大的种间和种内平均遗传距离,而trnH-psbA的种间和种内平均遗传距离则最小。Wilcoxonsigned rank test检测表明,五个DNA片段间的种内变异率差异不显著,而种间变异率存在一定的差异,ITS较三个叶绿体片段具有更大的种间变异速率。种内及种间平均遗传距离分布表明五个条形码均没有明显的“Barcoding Gap”。   三个叶绿体片段在木本竹类植物中具有较低的分辨率,无论在属级水平还是种级水平的鉴定率均未能超过20%。三个叶绿体片段中,rbcL的鉴别率略高于matK和trnH-psbA,但仍很难满足物种鉴定的需要,需与进化速率更快的片段作为木本竹类植物的组合条形码。核基因ITS具有较高的鉴定成功率,在属级水平上该片段鉴定率为62.5%,在种级水平上鉴定率为66.7%。ITS2与ITS序列具有相似的物种分辨率,如该片段能够克服ITS所存在的扩增及测序成功率低等问题,可作为ITS的替代条形码作为木本竹类植物的DNA条形码,是ITS片段的一个有效的补充片段。   相比于单条形码,多条形码组合的鉴别率有明显提高。CBOL植物工作组推荐的双条形码组合rbcL+matK在竹类植物中鉴定率较低,并不适合作为该类群的DNA条形码。在双条形码组合中,rbcL+ITS具有最高的鉴定率,在属级和种级水平的鉴定率分别达到87.5%和83.33%。在双条形码组合的基础上,增加叶绿体片段(如三条形码组合和四条形码组合)未能提高物种鉴别率,仅增加部分物种分支的支持率。综合经济投入、工作量及物种鉴定率等多方面因素,我们建议rbcL+ITS作为木本竹类植物DNA条形码的最佳组合。
其他文献
W波段覆盖了75~110GHz的电磁频谱,处于大气吸收窗口频段,具有极宽的频带,蕴涵着巨大的频谱资源。W波段属于短毫米波频段,相关设备体积小、重量轻、抗干扰能力强、通信容量大、能全
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。 Please download to view, this article does not support online access to view profile.
期刊
蛋白质巯基亚硝基化(S-nitrosation or S-nitrosylation)是一种重要的氧化还原相关蛋白质翻译后修饰。生物素转换法(biotin switch assay)建立之后便成为最普遍使用的检测蛋
森林火灾对人民生命、环境、经济均造成巨大危害,很多国家建立了多种森林火灾的气象风险评价指数,并对当地气候植被状况下气象火险指数与火灾的关系做了研究。   因为气象因
当前数码电子产品日新月异,几乎每一天均有包含更高性能指标,更多功能的产品出现,由此逐步地把人们推向数字化,电子化生活.其中数字图象相关产品如数码相机,数码摄像机更是红
本论文根据育种理论和发酵工程理论,对真菌α-淀粉酶生产菌种的诱变选育和固体发酵法生产真菌α-淀粉酶进行了系统的研究。  首先从酒药中分离到一株产α-淀粉酶的真菌,根据
本课题采用USB接口芯片、FPGA器件、高速高精度A/D转换芯片、低速高精度的A/D转换芯片和微控制器等电路,设计了专门用于太阳电池/组件测试的USB接口数据采集器,成本低、使用方便、
肺癌已经成为全球范围内所有癌症中的头号杀手,其五年存活率大约为15%。前期的研究结果发现LKB1作为新的肿瘤抑制基因,在人类非小细胞肺癌中存在着相当比例的功能性缺失的突变,同
在论文研究过程中,共采集云南商品牛肝菌标本310份,借阅105份,应用形态分类学和分子生物学方法对收集的材料进行分子系统学与分子检测研究。查清了云南商品牛肝菌有45种,常见的有
蠕虫类寄生虫(包括线虫、吸虫和绦虫)感染在世界各地非常普遍,全球约有1/3的人口感染蠕虫。蠕虫感染可引起一系列病理变化,如营养不良、生长迟缓、贫血、体内脏器受损及体表