有组织犯罪具有暴力性、残忍性、侵蚀性和反社会性等特点,不仅严重扰乱了社会稳定和经济秩序,而且更为严重的是破坏了国家政治安全。从上世纪80年代发展至今,经过“形成时期——快速发展期——高端时期”三个阶段的快速发展,现已形成“东严西轻,南多北少”,恶势力团伙犯罪居高不下,与黄赌毒枪等特殊犯罪交融并存的局面。同时,也表现出犯罪组织形式合法化;获利途径多元化;犯罪手段“软暴力”化;政权腐蚀程度严重化等新的特点和趋势。这对维护群众安全和社会稳定形成新的挑战和冲击,是公安机关的重点打击目标。然而,以侦查学为视角,分析打击有组织犯罪的实践,发现侦查机关在打击犯罪过程中面临着因犯罪组织自身的特殊性所造成的诸如:涉黑线索发现难;核心成员查明难;证人证言收集难和犯罪嫌疑人审讯突破难等多重困境。究其原因主要归结于侦查机关在与犯罪组织进行博弈的过程中,缺乏专业的打击队伍;情报收集工作滞后;缺乏对案件的深度经营;多部门联合打击机制阀如;证人保护制度粗疏;打黑主体权益保护不到位等诸多因素。基于对侦查困境和外部成因的系统分析,结合我国当前司法、公安改革趋势,合理借鉴域外的成熟办案经验。认为破解有组织犯罪的侦查困境需构建以责任制为核心的专门性有组织犯罪侦查队伍,实行责任制办案制度,注重对打黑主体的保护。广泛拓展情报收集渠道,加强刑事、治安案件信息研判,探索辖区内的有组织犯罪风险评估。深度实施侦查经营,全方位把握侦查情势,掌控侦查主动权。准确把握审讯突破口,试引入审讯交易制度以降低取证难度和非法取证的风险。完善有组织犯罪侦查机制,创建多部门联合侦办机制。同时,以促进审判中心主义为出发点,从法律规范、保护机构、保护程序等方面完善证人保护制度,提高证人出庭作证率。多措并举,以期丰富和发展打击有组织犯罪的基础理论,全面提高打击有组织犯罪的侦查能力。