矮牵牛(Petunia hybrida)，原产于南美洲，一年或多年生草本花卉，是茄科矮牵牛属植物，普遍应用于花坛配置。矮牵牛有很强的杂种优势，进行矮牵牛自交系亲本的亲缘关系分析，可以为矮牵牛的亲本选配和杂种优势预测提供理论依据。本研究采用了形态标记、ISSR标记和SRAP标记，结合系统聚类分析、主成分分析的方法对15个矮牵牛自交系间的亲缘关系进行了研究。本实验主要结果如下：1．利用16个形态标记结合多元统计法将15个矮牵牛自交系分为4个组。主成分分析表明，利用形态性状对这些矮牵牛自交系分类时，可以着重考虑的花萼的宽度，花葶长。2．从38条ISSR引物中筛选出了8条引物，用于15个矮牵牛自交系的ISSR扩增。共扩增出109条可统计的条带，其中具有多态性的条带100条，占91.7％，系统聚类分析将供试材料分为4个组。3．从10条正向引物，6条反向引物共60个组合中，筛选了8对条带清晰稳定的引物用于15个矮牵牛自交系的SRAP扩增。共扩增出83条可统计的条带，其中具有多态性的条带75条，占90％。系统聚类分析将供试材料分为4个组。4．将ISSR标记和SRAP标记的结果整合在一起，对15个矮牵牛自交系的亲缘关系进行了研究。系统聚类分析将供试材料分为5个组。5．分子标记之间的相关性进行了Mantel检验。分子标记之间的相关系数范围为0.11—0.46，ISSR和SRAP标记之间的相关系数为0.11。但从聚类图上看，两种分子标记的聚类结果比较相似。