各种病害给玉米生产带来严重威胁，利用分子生物学技术如转基因、分子标记辅助选择(MAS)等方法进行分子育种，并与传统育种手段相结合，培育出兼抗多种病害的玉米新品种是解决病害威胁的有效措施之一。分子标记辅助选择育种主要包括两个方面的研究内容，一是开发可用于辅助选择育种的新分子标记；二是利用已有的分子标记进行辅助选择育种。　　 本研究正是以此为出发点，在已有工作基础上，从以下两个方面对玉米多种抗病基因的分子聚合育种进行了研究。　　 (1)利用原有分子标记进行多个抗病基因聚合育种　　 玉米茎腐病、南方玉米锈病、玉米矮花叶病近年来已经成为危害玉米生产的主要病害。本研究在已有玉米抗茎腐病基因(Rpi/Rfg1)、抗南方玉米锈病基因(RppQ)和抗玉米矮花叶病基因(mdm1(t))定位工作的基础上，通过分子标记辅助选择(MAS)和传统育种手段相结合的方法，进行玉米抗茎腐病，抗南方玉米锈病以及抗矮花叶病的聚合育种。　　 首先，以抗南方玉米锈病材料齐319和抗玉米茎腐病材料1145为亲本进行常规有性杂交,对杂交后代经过4年6代的连续综合筛选(MAS分析、田间抗性鉴定和农艺性状检测)，培育出了能够高抗玉米茎腐病和南方玉米锈病、而且农艺性状优良的玉米新材料R94-1-1-1。人工接种田间抗病性检测结果表明该材料高抗玉米茎腐病和南方玉米锈病，MAS分析结果表明该材料含有预期的三种目标抗病基因而且已基本稳定，农艺性状分析表明DR94-1-1-1具有较好的产量潜力，在多个指标上具有明显的增产优势，证实该材料是一个农艺性状优良的高抗玉米茎腐病和南方玉米锈病的新材料。　　 利用得到的双抗材料DR94-1-1-1和我国玉米骨干自交系昌七-2杂交，采用上述综合筛选方法，将玉米茎腐病和南方玉米锈病的抗性基因聚合到昌七-2的优良背景下。对杂交F1代进行了田间人工接种抗病性检测，结果发现其高抗玉米茎腐病、矮花叶病和南方玉米锈病；对杂交F2代进行了MAS检测，其结果帮助我们在F2代群体中筛选出高抗三种病害的候选个体。以上结果表明我们初步选育出聚合了四种抗病基因(RppQ，Rpi1/Rfg1，mdm1(t))、高抗三种玉米病害(玉米茎腐病、南方玉米锈病和矮花叶病)而且遗传背景优良的玉米新材料，为玉米多种抗病基因的聚合育种提供了优良的种质资源和可行的研究途径。　　 (2)研究开发新的分子标记用于进一步的辅助选择育种　　 高抗玉米丝黑穗病是进一步进行抗病聚合育种的目标性状，因此开发可用于MAS分析的分子标记是非常必要的。本研究通过基因定位的方法来开发与抗玉米丝黑穗病基因连锁的分子标记，以高抗玉米丝黑穗病的自交系R24和感病自交系黄早4为亲本建立了F2群体和BC1F1群体，采用人工接种抗病性鉴定的方法对群体进行了抗病基因的遗传分析，结果表明R24携带的抗玉米丝黑穗病基因(命名为RsrR)是显性单基因。通过SSR-BSA和SRAP-BSA分析，找到了与RsrR基因紧密连锁的分子标记，最近的遗传距离为2.5cM。这些分子标记的开发成功为下一步的分子育种提供了有用的选择标记。