猪环状RNA组织和时空表达谱构建及分析

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环状RNA(circRNA)是一类具有闭合环状结构的新型RNA,由mRNA前体经反向剪接形成,circRNA在猪及其他哺乳动物中广泛存在。CircRNA一般通过吸附miRNA间接调控靶基因发挥调控作用,部分circRNA具有编码潜质,可以通过编码蛋白发挥功能。本研究中我们收集猪的813个独立的RNA-seq测序数据共19种组织(器官),在猪中共鉴定出168232个环状RNA,研究发现circRNA表达具有较强的组织特异性,其中在睾丸和脾脏中特异表达的circRNA数目较多,我们对组织特异表达circRNA进行了功能注释。为了研究circRNA对产肉性状的调控作用,我们对长白猪,通城猪和长通二元杂交猪中胚胎期15阶段和出生后12发育阶段进行了 RNA-seq测序,结果发现566时间特异表达的circRNA,并且circRNA在骨骼肌发育中表达丰度会出现累积即发育后期circRNA总体表达量升高。此外,我们还鉴定了在不同猪品种特异性表达的circRNA,这些特异表达circRNA可能与不同品种中肌肉发育调控有关。本研究对猪19种组织(器官)中circRNA进行了组织特异性分析,对3个品种27个背最长肌发育阶段circRNA表达进行了时空特异性表达研究,揭示了 circRNA在猪中的组织特异性和时空特异性表达规律,并制作了猪circRNA数据库,对筛选circRNA开展功能研究提供了参考。
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