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苹果是世界性重要水果。果实风味是衡量果实品质的一个重要指标，它主要受有机酸的影响。对于苹果果实而言，有机酸的组分以苹果酸为主，占总有机酸含量的90％左右。果实有机酸的合成受众多基因的调控，其中有机酸转运体负责将有机酸向液泡中转运。尽管有机酸转运蛋白在有机酸积累过程中起着重要作用，但关于这些转运体是如何影响果实酸度的机制尚不清楚。 苹果果实酸度受主效Ma基因控制，但除Ma基因之外，质子泵基因Ⅴ-ATPase(VHA)是否在调控果实有机酸积累中也发挥着重要作用。为此，本研究分析了苹果基因组的VHA基因对果实酸度的潜在影响。双单体金冠苹果基因组包含15个VHA基因，其中有9个在整个果实生长发育时期的表达水平都比较高，于是对这9个基因进行了分子标记的开发，以确定最有可能与苹果果实有机酸积累相关的VHA基因。运用每个MdVHA基因的分子标签对98个苹果品种进行基因分型，并将不同带型视为不同的等位基因。依据基因分型结果，开展MdVHA基因与苹果成熟果实有机酸含量的相关性分析，结果表明，在所研究的9个MdVHA基因中，只有一个位于苹果的第5号染色体上的MdVHA3基因(MD05G1124700)与苹果成熟果实有机酸含量存在显著相关性。本研究不仅展示了一种基于分子标记对基因功能进行研究的方法，而且研究结果为苹果果实酸度性状改良提供了理论依据和分子工具。