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目的：乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)基因的变异在慢性乙型肝炎病毒感染者中较为常见。目前虽然已有很多针对乙肝病毒变异的研究,但HBV逆转录酶区(reverse transcriptase,RT)自然变异的情况仍不清楚。本研究通过对慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)不同时期RT区自然变异的频数、分布及来源的分析,描述HBV RT区基因自然变异的特点。方法：共纳入28例未经核苷(酸)类似物(nucleot(s)ide analogues, NAs)治疗的CHB患者血清标本,包括免疫耐受期10例(immune-tolerant phase, IT),免疫活动期9例(immune-active phase, IA)以及非活动携带期9例(inactive carriers phase, IC)。通过巢式聚合酶链反应(nest polymerase chain reaction, Nest-PCR)-克隆法扩增HBV RT区基因并采用Sanger法测序。运用Contig Express, BLAST, MAFFT, MEGA5.0等软件及GenBank, Genotyping Tools,HBVSeq, HBVdb等数据库分析序列。结果：从28例CHB患者(男性：53.57%；年龄中位数：28岁；基因B型：75%；基因C型,25%)成功获得575条HBV RT全长核酸序列(IT:224,IA:196,IC:155)。含RT突变的克隆百分比中位数：IT组为16.07%(范围：4.17%-52.00%),IA组为44.90%(范围：16.67%-69.57%),IC组为43.20%(范围：15.00%-100%)。准种分析显示IA组和IC组的RT区变异程度要显著高于IT组,这种趋势通过RT蛋白保守性分析也得到进一步证实。在三组中共发现63个突变位点(IT:19,IA:37, IC:36)。这些变异位点在不同阶段不同结构区(domain区、inter-domain区)及免疫表位(HLA Ⅰ表位、]HLA Ⅱ表位以及“a”抗原决定簇)的分布及变异频数存在着显著差异。7.14%(2/28)的人群中检测到了NAs预存耐药(rtI169T, A181T,和S202G)。在同一克隆株中,HBsAg区发生的变异点数目总是较RT区多,且多数RT区变异位点与HBsAg区变异位点相一致。结论：我们的结果表明：1.CHB自然史各个时期的RT区自然变异程度及其影响显著不同；2.HBV RT区表现出很强的保守倾向,其变异主要来源于HBsAg基因。然而,这种保守性一旦破坏,允许RT结构域区出现较多的变异,可能就会导致乙肝病毒复制能力的降低。