在实际工程项目进行过程中,工程项目组织中各参与者之间难免发生各种各样的冲突。发生冲突的原因可能是工程项目本身进度计划的问题,但不容忽视的一个重要原因是项目的各参与者分别属于不同的利益主体,各方都站在自己的利益角度上来决定工程项目的实施,忽视了他们之间的相互影响作用,必然会影响工程项目的顺利进行。因此要保证工程项目的顺利进行,项目组织中的各参与者必须协调合作,在决策时,不仅要考虑自身的利益目标,也要适当考虑其他各参与方的利益。而二层决策是在决策系统中存在两个不同的决策主体,这两个主体处于相互合作的关系,又属于不同的利益主体。本文从这个角度引入二层决策,以工程总承包模式为主要研究范围,将项目组织中存在合同关系的业主和承包商两个主体对工程进度控制系统看作二层决策系统,建立了理论上的业主和承包商二层决策模型。另一方面,自1970年由Russell提出Max-NPV问题以来,对净现值最大化问题的研究迄今已经取得了较大的成果。近年来,以净现值作为目标指标进行项目活动进度安排已经成为目前网络进度优化的一个热点。目前国内对此问题的研究主要立足单个角度,如从业主的角度、承包商的角度或者双方联合考虑融资费用分担的角度分别对支付进度、工程进度进行安排,在工程实施过程中,工程项目的经济效果是业主和承包商一致关注的问题。业主支付承包商工程款,承包商获得现金流入,支出工程费用,在施工进行过程中双方都具有各自的现金流入流出体系,因此,本文通过借鉴国内工程进度中现金流处理方法,分别考虑工程实施过程中业主和承包商的现金流,建立双方各自的利益目标,实现了业主-承包商二层决策系统数学模型的建立。文章最后通过VEPSO-BP(基于Pareto和向量评价的微粒群算法)算法程序的编写完成了二层规划模型的求解,实例求解得到了多种工程进度安排方案和相应的支付进度方案,从而为业主和承包商之间利益冲突的协调提供了条件,具有一定的可操作性和现实意义。