藏羚羊微卫星富集文库构建与引物筛选

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本研究利用分子生物学技术进行了藏羚羊微卫星富集文库构建和引物筛选,筛选出一套多态性较高的微卫星分子标记,为探讨藏羚羊种群间基因流以及遗传多样性保持机制奠定了基础。  本文通过FIASCO(Fast isolation by AFLP of sequences containingr epeats)法对青海、西藏、新疆三个地理单元的4只藏羚羊DNA样品(青海118号、132号;西藏14号;新疆62号)进行微卫星富集文库的构建与引物开发。将4只藏羚羊的基因组DNA等比例混合,经限制性内切酶MseⅠ酶切获得300-1000bp DNA片段,经接头连接和变性使DNA双链解成单链,使用7种生物素标记的寡核苷酸探针(AG)12、(AC)12、(GC)12、(AT)12、(AAC)8、(TGC)8和(AGT)8与单链DNA片段中含有微卫星的序列进行杂交。根据生物素与链霉亲和素的亲和性原理,用链霉亲和素包被的磁珠亲和捕捉含有微卫星序列的DNA片段。对富集片段通过PCR扩增恢复成双链,纯化PCR产物连接到pCR@2.1载体,DH5α感受态细胞转化培养,通过菌液检测,将条带数等于2的阳性克隆进行测序分析。主要研究结果如下:  1、以生物素标记的寡核苷酸探针(AG)12、(AC)12、(TGC)8、(AGT)8、(AAC)8构建的藏羚羊微卫星富集文库,经载体连接和克隆转化,阳性克隆率分别为50.7%、40.7%、50%、41.6%、31.1%,说明构建的藏羚羊基因组微卫星富集文库为质量较好的文库。  2、利用磁珠富集法共得到微卫星序列144个,重复次数范围为5-39次。所选择的7种生物素探针中,未富集到(GC)n、(AT)n类型的微卫星序列。  3、依据得到的微卫星序列,用Primer5软件在线设计并合成引物107对,对3个地理单元(青海、新疆、西藏)的24个藏羚羊基因组DNA扩增,成功筛选出22个具有多态性的藏羚羊微卫星位点。  4、首次构建了藏羚羊基因组微卫星富集文库,并将部分序列提交至GenBank(GenBank Accession Number:KC422272-KC422315)。
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