扎查琼多金属矿赋存于二叠系下统开心岭群石英砂岩、硅质板岩、硅质岩中,矿化呈稀疏浸染状、细脉状-网脉状、团块状,具层状、似层状特征,走向和倾向较稳定,主要赋存于石英砂岩底部与黑色粉砂质板岩接触部位及硅质板岩的中下部。含矿岩层中含大量的黄铁矿,黄铁矿一般呈胶状、草莓状结构,并有层纹状及条带状热水沉积特征的同生构造。硅质岩层呈条带状、层纹状,硅质岩的出现反应该区发生强烈热水喷气作用。矿体围岩蚀变较弱且较简单,主要为黄铁矿化和硅化等,黄铁矿化与矿化关系密切。该矿成矿类型为热水沉积特征,成矿类型好,具有良好的找矿前景。目前已圈出长700m-2.9km、宽50m-130m的两个含矿带。Ⅰ矿带西段矿体控制程度稍高,中部和东段控制程度极低,加大工程投入,将会取得较好成果。Ⅱ矿带成矿特征与Ⅰ矿带成矿特征类似,地表及深部已发现矿体,矿体品位较高、厚度较大,有进一步进行追索控制的必要。岩体接触部位是寻找富矿段的有利部位,通过进一步工作,有望能找到富矿地段。