人类活动对湖泊生态系统带来的影响包括外来物种入侵和本地物种消失是造成鱼类群落结构改变和生物多样性丧失的两个关键因素。经典生物多样性研究方法（种类多样性）一直是学者研究群落结构和生态系统稳定性的参考指标，但使用的相关指数仅仅涉及到群落中物种的多度和丰度（所有物种地位相等，仅仅用生物量加以权重），因此无法有效的解释多样性变化与生态系统功能的关系。　　越来越多的证据表明物种功能性状连接着物种组成的变化和生态系统进程的转变。因此，在人类对生态系统造成破坏后，测量分类结构变化的同时测量群落功能结构的变化显得尤为重要。群落功能多样性作为生物多样性的一个方面用来量化影响生物行为和生态系统功能的性状值和范围。相比于种类多样性，功能多样性能够将物种组成的变化和生态系统进程的转变紧密连接起来，因此被认为是预测生态系统生产力和脆弱性更好的方法。　　本研究通过将功能多样性的分析方法运用到淡水鱼类群落的研究中，同时与经典生物多样性方法进行对比分析，从不同的角度对生物多样性的变化进行解释，以期能够更好的了解和认识生态系统运作的机制。主要从以下几个方面进行了研究:　　(1)多样性研究方法可行性分析。对比现有群落多样性研究方法，应用一组二元有/无结构的鱼类群落数据，并进行相关鱼类功能性状的收集，对功能多样性方法的可行性和适用性进行了分析。结果显示运用鱼类群落的二元数据结构及功能性状收集的功能多样性分析方法具有可行性和适应性。　　(2)鱼类集合群落特征的历史变化。收集了云南高原九个大型湖泊近期的的历史鱼类群落组成数据，并在近期对九个高原湖泊进行了鱼类资源调查，从而形成了九个湖泊不同时期的鱼类组成数据库。通过将数据划分为四个时期，对这些湖泊进行了集合群落嵌套计算及多样性加性分配计算，发现鱼类入侵会导致集合群落嵌套程度的增加，同时本地物种数量在大规模入侵后一段时期才会明显减少，中间有一个缓冲时间段。　　(3)鱼类群落功能多样性的历史变化。提取鱼类组成相对稳定的历史时期和近期两个时期的鱼类数据，并对它们的关键功能性状进行收集，然后分别用种类多样性和功能多样性两种方法计算了这九个湖泊的多样性变化情况。结果表明，功能多样性的变化较小，说明从一定程度上入侵种在功能层面取代了消失的本地种，继续执行后者在生态系统过程中的功能，因而保证了生态系统过程的正常进行。