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目的 研究发现在结直肠癌(CRC)中位于染色体5q31上的许多成簇的原钙粘蛋白基因(PCDH)由于高度甲基化而被频繁下调,而且其中一些基因已被证明具有肿瘤抑制因子功能。而研究已经证明Kras基因的突变与结直肠癌的发生和预后相关。此研究的目的是筛选对结直肠癌发生有意义的下调的PCDH。以及探讨下调基因PCDHGA7在Kras基因不同状态下的结直肠癌中的表达及其与临床病理因素和临床预后之间的关系。方法 (1)通过分析癌症基因组图谱(TCGA)的转录组测序(RNA-seq)数据,筛选出结直肠癌中显着下调的多种PCDH。(2)通过分析癌症基因组图谱(TCGA)的转录组测序(RNA-seq)数据,在筛选出下调的多种PCDH中确定出与野生型KRAS(KRAS-WT)患者的总体存活率具有相关性的基因,即γ-PCDH亚家族中的成员PCDHGA7。(3)我们收集了20对结直肠癌和对应的癌旁新鲜样本,然后提取样本的RNA。通过反转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,q PCR)的方法来检测PCDHGA7的m RNA表达水平。(4)把20对冰冻组织制作成石蜡切片后进行免疫组化染色,对染色结果进行拍照,根据抗体表达的阳性率来评价PCDHGA7蛋白的表达情况。(5)进一步扩大样本的数量,收集230例结直肠癌蜡块并提取DNA,再进行KRAS基因的PCR扩增,对扩增后的样本进行核酸电泳条带验证后回收纯化KRAS基因条带,最后对纯化的样本进行KRAS基因突变的Sanger测序,从中筛选KRAS-WT的样本。(6)把筛选出的KRAS-WT的样本制作成组织微阵列(TMA),然后进行免疫组化染色,拍照后使用软件对PCDHGA7的蛋白表达进行定量分析,根据PCDHGA7表达的中位数把结果分为PCDHGA7高表达和低表达组,再分析两组与临床病理特征及预后之间的相关性。结果 (1)TCGA数据库中,结直肠癌的53个PCDH中有19个表达水平明显低于正常组织,有3个PCDH的表达明显高于正常组织(P<0.05),其中最显着(P值<0.01)下调的基因属于β和γ家族。(2)TCGA数据库中,KRAS-WT结直肠癌患者中PCDHGA7的低表达与总体生存率的降低相关(P=0.0225)。(3)与对应的癌旁组织相比,癌组织中PCDHGA7的m RNA和蛋白表达均显著下降(P<0.0001)。(4)在结直肠癌KRAS-WT患者PCDHGA7蛋白的低表达组多发生在肿瘤晚期阶段(P=0.030),并且患者术后具有更高的肿瘤复发风险(P=0.048)。(5)在进行总体生存分析后发现,与具有PCDHGA7高表达的KRAS-WT结直肠癌患者相比,PCDHGA7低表达的患者明显具有更短的生存期(P=0.0321)。结论 (1)通过TCGA数据分析,在结直肠癌中有多个成簇PCDH下降。(2)通过TCGA数据分析,PCDHGA7与结直肠癌野生型KRAS患者的总生存期具有相关性。(3)本院的样本分析中,PCDHGA7在结直肠癌中的表达也显著下调。(4)PCDHGA7的低表达与结直肠癌野生型KRAS患者的不良预后具有相关性。