实时在体追踪肿瘤基因组揭示人脑胶质瘤演进以指导精准诊疗的研究

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目的实时跟踪脑胶质瘤基因组的改变,探索胶质瘤在体演进特征,以指导精准医疗的应用。方法纳入2019年7月至2022年3月于郑州大学人民医院接受诊疗的胶质瘤患者32例,每位患者均接受了多模态导航手术治疗并于术中植入术腔间质液采样监测诊疗器,术后病理提示为胶质瘤。共收集到35个的肿瘤组织样本(包括复发性肿瘤)。所有患者均术后接受替莫唑胺(temozolomide,TMZ)辅助化疗联合瘤腔局部化疗,并采集肿瘤原位液(tumor in situ fluid,TISF),总计87份TISF样本。此外每位患者采集了 5ml血液用于胚系DNA对照。从这些样本中提取的胶质瘤DNA通过二代基因测序(next generation sequencing,NGS)进行DNA突变分析。结合患者临床资料,纵向分析胶质瘤患者肿瘤和TISFs中的基因组演进,并探讨了胶质瘤进化的特征性改变与靶向治疗、关键临床治疗方案、影像学进展、治疗反应之间的关系。结果1、在复发肿瘤中检测到的突变有100%(33/33)可在TISF样本中检测到,且复发肿瘤突变等位基因频率(variant allele frequencies,VAFs)与TISF循环肿瘤 DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)VAFs 显著相关(R2=0.9029,0.9463);2、患者肿瘤进展后VAF和突变位点数目(number of alterations,NOA)明显提高(P=0.0090;P=0.6457);而非进展患者VAF和NOA下降(P=0.0342,P=0.0044);3、在进展患者中观察到以下基因或通路的显著变化:KIT、NF1、TSC2、FAT1、SMO、错配修复(mismatch repair,MMR)基因和RTK/RAS/PI3K 通路。4、实时捕获并分类了胶质瘤体内基因组景观,发现PDGFRA、CDKN2A和MMR相关突变的完整的在体亚克隆选择过程,且适配靶向药物。另外在替莫唑胺治疗下,胶质瘤基因组中与替莫唑胺相关的C>T/G>A突变的数量和比例逐渐增加。结论1、TISF ctDNA可代表肿瘤基因组;2、连续TISF ctDNA检测可监测胶质瘤群体的基因组进展及预后,且NOA和VAF增加与疾病进展有关;3、TISF可实现实时掌控胶质瘤基因组进化,包括克隆选择和治疗诱导的特征性改变,这些关键的基因改变与影像学证实的临床进展相关,为胶质瘤的精准诊断和治疗提供了依据。
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