随着人口与经济的增长，世界对能源的需求量在不断增加，并且整个水环境也在不断恶化，因此水能资源等自然资源紧缺现已成为全球共同关注的热点问题。在水能资源的开发利用中，库区的工程建设必然会给生态环境和移民带来诸多不利影响。如果生态环境长期得不到修复，且移民的利益一直无法保证，就会出现利益失衡的现象，这不仅不利于水能资源的可持续发展，还会影响社会的公平与和谐。我国作为一个能源紧缺的发展中国家，完善水能资源的有偿使用制度、协调水能资源开发中各个利益相关主体间的利益和实现社会公平是水能资源开发利用及管理的重点。如何适度开发利用水能资源、建立合理的水能资源有偿使用及利益协调机制是保证水能资源和国民经济持续、健康发展的必要条件。因此，对水能资源开发的各个利益相关方进行博弈分析、寻求最优的博弈组合、建立水能资源的价值核算体系、以及为补偿移民和生态环境代价提供依据是本文所要研究的重点。　　 本文首先介绍了水能资源有偿使用的相关理论和国内外水能资源有偿使用的发展情况，重点对水能资源有偿使用在国内经历的三个阶段进行了分析。其次，提出水能资源开发的利益相关者理论，对水能资源开发中所涉及的四个利益相关者进行界定，并分析了水能资源开发给生态环境和库区移民带来的不利影响。此外，还构建了四个利益相关者之间的博弈模型，以为利益关系的协调提供思路。为了补偿水能资源开发中的环境代价和移民代价，并保证水能资源的有偿使用，本文构建了水能资源的价值核算模型，并以三峡水电为例，对单位发电量的水能资源价值进行核算。核算出的真实价值不但有利于发电企业的发展，而且可以为真实电价的制定提供参考。　　 本文的研究结论主要有两点：一是通过对水能资源开发中的地方政府、中央政府、发电企业及移民之间的博弈分析，得出首先政府应当建立合理的利益表达和分配机制，其次要降低政府对水能资源的收益控制权，使地方政府与中央政府政策目标一致，最后当地政府应该加强对发电企业的监督与管理。二是通过水能资源的价值核算，得知只要水电站、水库的统计资料能够获得，单位发电量的水能资源价值是可量化的。由于三峡水电站是我国最大的一家水电站工程，文中以三峡水电为例对其单位发电量的水能资源价值进行核算，将其结果与实际平均上网电价对比，证明了电价被低估的事实，且被低估的电价掩盖了高昂的移民和生态环境代价。