人口老龄化是我国社会发展的重要趋势,也给医药制造业带来了新的发展机遇。医药制造业是一个以创新作为驱动力的行业。在中国医药制造业快速规模化发展的过程中,创新是决定行业内公司能否占据有利地位的重要因素。随着原材料价格上涨和竞争激烈程度的加剧,创新能力的比拼已经不再是创新资源投入多少的较量。创新资源的有限性要求公司必须把提高创新效率作为其保持创新性的首要任务。能否有效利用资源就成为了提高医药制造业公司创新水平的关键所在。本文通过三阶段DEA模型剔除环境因素对医药制造业上市公司创新投入资源利用率的影响,将所有上市公司置于同一环境下,计算我国医药制造业上市公司的真正创新效率值,最后分析创新效率不理想的原因,并提出相关对策。本文首先选择各公司研发人员和研发投入作为投入指标,选择无形资产增加额、专利申请数和营业收入作为产出指标,采用传统DEA模型对原始投入产出指标进行第一阶段的医药制造业上市公司创新效率测算分析。然后,在第二阶段选择政府补助、股权集中度、地区经济发展水平、地区对外开放水平、机构投资者持股、地区教育环境、公司资本结构、公司规模八个环境变量,应用SFA回归分析,得到经调整后的投入变量数据。最后,把调整后的投入变量与原始产出变量输入传统DEA模型中,计算第三阶段医药制造业上市公司创新效率值。经分析发现:我国医药制造业公司创新效率总体水平较低,总体上纯技术效率值高于规模效率值。环境变量中股权集中度和地区经济发展水平与医药制造业上市公司对创新投入资源的利用率显著正相关,而地区对外开放水平与创新投入资源的利用率呈负相关关系;据此,提出以下建议:（1）医药制造业上市公司应当进一步扩大创新规模,增加创新投入。上市公司可以兼并经营效益差、技术落后的同行公司,形成规模效应,还可以寻求公司间的合作创新,互相学习,整合彼此互补的技术（2）政府应当加大扶持力度,政府应当加大对医药制造业上市公司的扶持力度。对于化学制药,应当对研发投入进行补贴,帮助更多化学制药公司提高技术水平进而通过一致性评价。对于生物制药,应当鼓励生物仿制药快速扩大生产规模和提高技术水平,将生物制药行业水平与国际对标。可能的创新点有:（1）过往文献运用三阶段DEA多以省域或行业的创新效率作为研究对象,本研究使用微观数据,用三阶段DEA对医药制造上市公司创新效率进行测度并进行细分行业研究。（2）过往文献多局限于上市年份等比较传统的环境变量对医药制造业上市公司创新效率的影响。本文则研究了地区对外开放水平和股权集中度对医药制造业上市公司创新效率的影响,丰富了医药制造业创新效率的文献。