我国高等教育在市场经济大背景下不断发展，高校的地位和角色也发生相应转变。社会与高校的联系日益紧密，经济发展带来了对高层次人才的巨大需求，与此同时各高校也在不断扩招以适应社会发展的需要。随着高校规模的不断增大，高校的日常管理工作也更加复杂化，行政组织机构的任务也更加繁重。行政组织机构在发展的过程中出现了许多问题，这些问题在一定程度上制约了高校的发展进步，对行政组织机构的改革也成为近年来的热门话题。　　行政组织是高校组织的一部分。在高校的管理运行过程中，行政组织起着不可忽视的作用。本文主要运用系统权变理论，分析影响高校行政组织机构发展变化的变量，发现其存在问题，并提出变革方向。本文着重探索了高校从起源发展至今的历史过程。　　高校行政组织机构在不断的变化发展，从清末至今，高校与外部环境之间的互动以及政府政策对高校的影响一直都是高校行政组织机构变化发展的根本原因，高校行政组织往往受外部环境的影响而做出被动的改变，但这并不代表高校不具备主观能动性，高校微观层面的改革在一定程度上也能推动宏观高等教育体制的改革。这种状况在当代市场经济和教育改革背景下体现更加明显，市场经济下的高等教育改革趋势为分权放权，这种趋势也催生了高校的主体意识。　　高校组织目标影响了行政组织机构的设置及权限划分，在不同时代的组织目标影响下会产生不同的行政组织机构，行政组织机构的运作也对高校的组织目标产生推动和阻碍作用。高校行政组织机构的设置和运行要紧紧围绕组织目标，高校行政组织和学术组织应该致力于学术发展、教学科研。　　高校组织文化受组织环境和组织目标影响，但其一旦形成就会对组织成员产生根深蒂固的心理影响，保守的组织文化会阻碍组织变革。因此，组织文化的革新也有助于推动行政组织机构的变革。组织成员内在精神的转变与组织机构的变革是相辅相成的，组织文化作为高校的核心软实力能为高校行政组织机构变革提供有效的精神内驱力。