主体功能区建设对推进我国区域协调发展提供了一条重要的思路，摆脱了区域内各行政单位以经济开发为中心的混乱秩序，规范了空间开发秩序，国家在各功能区内实行不同的用途管制和开发程度。但需要注意的是，主体功能区区划将有可能使得重点开发区土地获得暴利，禁止开发区和限制开发区土地暴损，造成区域间土地开发的利益与土地保护的责任在区域上的非均衡。问题的成因在于土地发展权界定不清、价值不明确，以及发展权转移的受限，因此亟需构建开发与保护之间互相沟通、促进的双赢机制。正是基于此，为推进主体功能区建设开拓新思路，本文从区域协调与资源保护视角出发，试图通过界定和分析主体功能区建设对土地发展权受限以及受损程度，从而实现开发区对保护区所提供的生态公共品的付费，以及土地开发的利益和土地保护的责任在区域上的均衡，实现主体功能区区域协调发展，达到主体功能区建设优化空间结构的效果。　　文章共分为七章，第一章和第二章是本文研究的基础。笫一章主要通过文献综述，了解国内外学者关于土地管制的研究以及国内外学者对于土地发展权的研究;第二章通过对土地发展权概念以及土地发展权定价理论的梳理，为土地发展权受限分析做好理论铺垫;第三章分析主体功能区建设可能引发的问题，其实质是土地发展权价值受损，通过设置土地发展权，实现土地发展权跨区市场化交易，从而有效的实现资源保护成本的分担，保护耕地资源，实现区域协调发展。第四、五章为实证研究部分，利用条件价值法(CVM)测算出重点开发区的市地发展权价值和限制开发区的农地发展权价值，并得到市地发展权价值为282.39元/m2，农地发展权价值为51.94元/m2。第六章从我国法律法规上解读农业用地、建设用地以及未利用地用途转换的规定，我国土地用途转换受国家土地法规政策严格控制，不同类型土地发展权受到不同限制。第七章对文章重要结论做一个简单的总结。