专利确权程序包括专利无效宣告程序与专利确权诉讼,专利无效宣告程序是行政程序,专利确权诉讼是司法程序。我国专利确权诉讼采取行政诉讼的方式,即法院没有权力对专利是否有效做出判断,造成了专利确权诉讼中的循环诉讼问题,纠纷常常是案结事不结;同时,我国专利侵权诉讼和专利确权诉讼未设置合并审理的模式,对于不服国家知识产权局专利局的专利无效宣告决定的可提起专利确权诉讼,专利确权诉讼由北京知识产权法院专属管辖,换言之,在专利侵权诉讼中,如果被控侵权人主张专利权人专利无效,法院要等待专利确权的结论做出之后才能对案件进行审理。此时,法院一般都会中止诉讼的裁定,而中止审理的程序设置,又使得专利侵权诉讼周期延长,严重影响了诉讼的效率。专利确权程序与专利侵权诉讼衔接方面存在的问题,导致不能有效合理地解决专利纠纷,使得专利权被依法授予后,其效力在保护期内一直处于不稳定的状态,当事人反复启动行政程序或司法程序来维护自己的合法权益,同时,专利侵权纠纷解决过程异常漫长,不利于司法机关对专利权人提供保护。本文首先对我国专利确权和专利侵权诉讼制度进行了阐释,在此基础上,结合国家机构改革的现状,分析了我国专利确权程序同专利侵权诉讼衔接过程中存在的问题,并通过借鉴域外经验对我国专利确权和专利侵权诉讼的优化路径进行了研究。通过研究认为,我国专利确权和专利侵权诉讼的优化路径应该从两个方面入手:一是专利确权程序的优化。主要包括:限制专利无效宣告的请求人员的主体范围和时间范围、确权诉讼采取民事诉讼模式、将专利无效宣告程序定位为准司法程序等;二是专利确权和专利侵权诉讼程序的协调。具体包括:赋予知识产权法院判断专利权有效性的权力、在知识产权法院一级将专利确权诉讼和与侵权诉讼合并审理,同时完善审判组织的专业化。希望通过本文的研究能够解决专利确权和专利侵权诉讼衔接方面存在的问题,达到司法与行政的平衡有效的维护当事人的合法权益,同时也能够为市场参与者提供一个良好的竞争环境。