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[目的]在前期研究乳牙列色素沉着龈上菌斑及非刺激性唾液的微生物菌群的基础上,运用454高通量测序技术对乳牙龋及牙面色素沉着伴龋龈上菌斑和唾液样本中微生物群落分布进行检测,探索乳牙龋及牙面色素沉着伴龋口腔不同部位微生物的多样性、口腔微生态的整体环境(菌斑和唾液),以期对牙面色素沉着与龋病及其之间的关系有更深入的了解,为龋病及牙面色素的预防提供新的思路。[方法]样本取自45名3-5岁乳牙列期儿童的龈上菌斑和非刺激性唾液,共90个样本,其中20人有龋坏无牙面色素沉着(龋坏组,记为Q组),25人有龋坏及色素(龋坏伴色素组,记为SQ组),刮取龋损邻近健康光滑牙釉质表面的菌斑,提取菌斑和唾液样本总DNA,进行16S rRNA的V1-V3区特异性PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳检测与目的DNA片段纯化、回收,Qubit(?) 2.0荧光计测定回收片段的DNA浓度,样品DNA等量混合后进行454焦磷酸测序后对数据统计分析。[结果]对90个龈上菌斑和非刺激性唾液样本细菌16S rRNA基因V1-V3区测序共得到511382条高质量序列,平均每条序列读长约为279.97 bp,每份样本平均有效序列5682条。针对细菌16S rRNA序列数据库,3%非相似度下共得到45032个OTU,涵盖13个细菌门,145个菌属。样本物种丰富度分布图和Alpha多样性稀释曲线显示测序物种覆盖较好。24个菌属在龋坏组菌斑和龋坏伴色素组菌斑中有显著差异(p<0.05)。5个菌属在龋坏组唾液和龋坏伴色素组唾液中有显著差异(p<0.05)。龋坏组菌斑和唾液样本比较有36个菌属有显著差异,(p<0.05),龋坏伴色素组菌斑和唾液样本比较有54个菌属有显著差异,印<0.05)。[结论]采用454焦磷酸测序分析乳牙龋及牙面色素沉着伴龋龈上菌斑和非刺激性唾液微生物的物种覆盖较好,口腔不同部位微生物组成多样性不同；唾液微生物多样性比菌斑微生物多样性更为保守；随着龋病的发展,微生物种类减少。