南极中层鱼类为人类中研究最少但却未被充分利用的海洋生物之一,所有小型中层鱼类中约有90%属于钻光鱼科（Gonostomatidae）和灯笼鱼科（Myctophidae）。南极陆坡锋以北的海洋水域中灯笼鱼科鱼类较为常见,它们主要以中层浮游动物为食,在中上层生态系统食物链中起着重要作用。本文以罗斯海海域的灯笼鱼科鱼类为研究对象,经形态学鉴定后,测定了线粒体细胞色素氧化酶I（COⅠ）基因序列,探讨了COⅠ基因在南极灯笼鱼科鉴定中的应用,弥补了传统形态学鉴定的不足,丰富了灯笼鱼科数据库,为南大洋生物资源保护和分类的完善提供技术与数据支撑。此外,采用COⅠ和16S r RNA基因序列,本研究还分析了罗斯海地区灯笼鱼的系统进化。主要内容如下:1.基于COⅠ基因的灯笼鱼科物种鉴定罗斯海区域科学调查采集的灯笼鱼科鱼类中,83个样本经最初形态学鉴定分为6个物种:南极电灯鱼（Electrona antarctica）、次南极电灯鱼（E.carlsbergi）、安氏克灯鱼（Krefftichthys anderssoni）、勃氏裸灯鱼（Gymnoscopelus braueri）、后鳍裸灯鱼（G.opisthopterus）、大洋短鳃灯鱼（Nannobrachium achirus）。之后,采用分子生物学方法鉴定,扩增其COⅠ基因序列,经与BOLD/NCBI数据库中已有的灯笼鱼序列比对后修改为8个物种,增加了法氏裸灯鱼（G.fraseri）与Gymnoscopelus sp.。结合NCBI中已有的58尾灯笼鱼序列,所有139尾灯笼鱼序列剪切为444bp的长度,分析后发现,种内遗传距离平均值为0.007,种间遗传距离平均值为0.236,种间遗传距离是种内的78.67倍,表明COⅠ基因对灯笼鱼科物种鉴定较为适用。研究结果表明,COⅠ基因一定程度上弥补了形态学鉴定上的不足,今后对于灯笼鱼的鉴定可结合形态学与分子生物学手段更加准确做出判断。2.基于COⅠ线粒体基因的8种灯笼鱼的进化研究利用扩增的8种灯笼鱼的COⅠ基因序列研究灯笼鱼的进化,灯笼鱼科4属8种83条序列共含有保守位点396个,变异位点170个,简约信息位点164个,单一突变位点6个。83尾序列测得45个单倍型,裸灯鱼属鱼类单倍型多样性指数均较高。灯笼鱼科4属8种鱼类分为两大类群,第一类群由次南极电灯鱼,南极电灯鱼及安氏克灯鱼形成,第二类群由法氏裸灯鱼,Gymnoscopelus sp.,鳍裸灯鱼和勃氏裸灯鱼和大洋短鳃灯鱼组成,裸灯鱼属位于进化树基部,在分化过程中最先分化出来,其次为大洋短鳃灯鱼。次南极电灯鱼与安氏克灯鱼可能经历了种群扩张或持续增长,而勃氏裸灯鱼、后鳍裸灯鱼、法氏裸灯鱼和Gymnoscopelus sp.可能不存在扩张情况。本研究中,南极电灯鱼单倍型多样性较低,推测可能与其环南极分布相关,南极绕极流作为东西向运输动力促进了其种群的基因交流。安氏克灯鱼与南极电灯鱼在进化树中距离较近,且种间遗传距离仅大于南极电灯鱼与次南极电灯鱼,推测安氏克灯鱼与南极电灯鱼可能由同一祖先进化而来。3.基于16S rRNA基因的8种灯笼鱼的进化研究扩增83个灯笼鱼样本的16S r RNA基因序列,剪切后得到615bp用于分析。序列共含有保守位点456个,变异位点数159个,简约信息位点有148个单一突变位点11个。全部位点中不变位点有544个,转换位点30个,颠换位点13个,序列中的转换明显多于颠换。83条序列测得26个单倍型。勃氏裸灯鱼的种内距离为0,单倍型多样性较低,一定程度上说明其种群多样性较低,极易受到环境变化及人为因素的干扰。灯笼鱼科4属8种鱼类分为两大类群,第一类群由次南极电灯鱼,南极电灯鱼及安氏克灯鱼形成,法氏裸灯鱼,后鳍裸灯鱼和勃氏裸灯鱼及大洋短鳃灯鱼构成第二类群。裸灯鱼属位于进化树基部,在分化过程中最先分化出来,其次为大洋短鳃灯鱼。后鳍裸灯鱼与勃氏裸灯鱼及法氏裸灯鱼与Gymnoscopelus sp.的种间距离较小（0.009）,表明裸灯鱼属中后鳍裸灯鱼与勃氏裸灯鱼亲缘关系较近,法氏裸灯鱼与Gymnoscopelus sp.亲缘关系较近。