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目的:
1.研究浙江地区汉族人线粒体DNA(mtDNA)D-Loop区基因和剑桥标准序列之间的差异,并筛查与家族性鼻咽癌相关的突变位点。
2.通过分析线粒体DNA的D-LOOP区序列来研究在家族性鼻咽癌中的线粒体D-LOOP区的序列变异和患癌风险之间可能的联系。
方法:
1.收集4个浙江家族性鼻咽癌家族中的29名成员的外周血,包括7名家族性鼻咽癌患者(familialnasopharyngealcarcinoma,下文以FNPC表示)和22名家系成员(unaffectedpedigreemember,下文以UAPM表示),并随机选取20例散发性鼻咽癌患者(sporadicnasopharyngealcarcinoma,下文以SNPC表示)和122例止常人(normrlcontrol,下文以NC表示)作为对照。分别对各组D-1oop区突变情况进行分析,所有受试对象的临床特征包括年龄、性别、吸烟、组织学类型以及临床TNM分期无显著性统计学意义(P>0.05),详见(表1)。
2.从外周血中分别提取线粒体DNA和核基因组DNA,用特定的针对整个D-LOOP基因区域的两对引物扩增出PCR产物并纯化。
3.对PCR纯化产物直接测序分析。使用生物信息学软件(CodonCodeAligner2.0.6software和Chromas)进行比对分析,查找变异位点。
4.利用one-wayANOVA和Chi-squaretestorFishersexacttest进行统计分析。
结果:
1.通过与对照组及标准序列比较,在49例实验组和122例对照组,分别有74个和129个变异位点,在FNPC,UAPM,SNPC和NC组中,总的突变数分别为67,197,186和832(详见表2和表5),在74个变异位点中,90.5%是同质性突变,只有9.5%(7/74)为异质性突变。其中有6个为新发现的突变,分别为186位点C→G,206位点T-G,310位点T→CCT,314位点C-CCins(n),556位点A→Tand16526位点G→T。另外存在4个高频变异位点分别是np73A-G,np263A-G,np489T-C和np16223C-T。
2.我们对所有受试者的血液标本进行np16362和的序列变异进行分析,发现在FNPC,UAPM,SNPC和NC组中,其变异率分别为100%,81.8%,20.0%,和32.8%,与对照组NC比较,FNPC和UAPM(100%,81.8%)两组存在显著性差异(P<0.05)(详见表3)。而SNPC(20.0%,4/20)组与对照组NC(32.8%,40/122)之间无统计学差别(P>0.05)。np16519位点的变异率分别表现为0,22.7%,15%,和46.7%在FNPC,UAPM,SNPC,和NC组中。与对照组NC比较,统计分析发现实验组间具有显著性差异(P<0.05)。
3.对所有标本的D310区和np16183-16194区进行MSI分析显示,实验组中分别有46例和14例存在MSI,与对照组NC(53.3%)比较,D310区发生MSI的频率有统计学意义,且其碱基变异率统计学表现一致(详见表4)。而在np16183-16194区没有表现统计学上差别。
结论:
1.线粒体D-LOOP基因区域存在大量变异位点,推测多为多态性现象。
2.与正常对照组比较,在鼻咽癌患者及家系成员中D-LOOP基因的序列变异明显增加,表明随着变异的增多与患癌的风险成正相关,这将需要增大样本量和增加样本类型来进一步证实。
3.线粒体DNA的np16362T-C、np16519T-C、D310区微卫星变异可能与家族性鼻咽癌的易感性有一定的相关性,并有望成为早期检测家族性鼻咽癌易感性的分子标记。