适应国家创新体系和北京创新城市发展需要,本文围绕北京高校科技创新体系的建设问题,主要开展了五个部分的研究:　　 (1)理论与实践——分析北京高校科技创新体系建设的理论与实践,以及创新型城市发展提出的新要求；　　 (2)结构模型——分析北京高校科技创新体系的组织层次结构,发现决定整个系统状态和行为特征的基层次结构。　　 (3)运行机制——分析创新主体之间的行为博弈与基层次组织的形成机理与运行机制,探索激发组织及个体科技创新努力的合作机制。　　 (4)环境适应性——分析系统环境的变化趋势,探讨外部环境变化对系统结构、系统状态和系统行为的影响,以及体系的适应机制。　　 (5)政策建议——从政策层面,分析并提出开展北京高校科技创新体系建设的主要政策,供有关部门参考。　　 本文将一般系统结构论、博弈论以及组织层次分析法和决策分析法结合起来,对上述五个部分内容进行了系统研究,获得如下重要结论:　　 结论1:北京高校科技创新体系是由科学研究创新、人才培养创新和社会服务创新三大要素和市属民办高校、市属公办高校和在京部属高校三大主体构成的创新网络系统。　　 结论2:创新型城市中存在着“政府-高校-社会”的三螺旋关系,高校科技创新体系在创新型城市建设中发挥基础支撑作用,高校科技创新体系与创新型城市其他组织体系之间存在互动关系。　　 结论3:高校教师个体-高校基层学术组织(学系、学部、研究所、实验室等)的层次结构决定了整个体系的功能状态和系统行为,亟需基层学术组织建设置于体系建设的基础地位。　　 结论4:通过增强高校基层学术组织自主权,强化基层学术组织教学、科研、服务的创新关系环,丰富基层学术组织的功能和形态,推动各个高校(市属民办高校、市属公办高校、在京部属高校)基层学术组织之间自主的、直接的竞合发展、网络互联发展,才能为整个体系建设铺垫坚实基础。　　 结论5:北京高校科技创新体系的未来建设,应当将高校基层学术组织的培育和发展体系构建的核心地位。高校基层学术组织形成和发展的前提条件:一是使个人能通过组织提高个人生产效率,创造个人所不能创造的整体利益；二是让组织内部创新性努力的获利高于源自权力的分配利益。　　 结论6:通过构建以知识产权制度为基础的创新质量基层考核与评价机制、“高校基层创新公积金”制度、政府项目拟成果购买制,精简科技奖励制度,发展高校“产学研”三位一体的结合组织与机制等措施,可以建立推动高校学术创新并不断适应环境变化的体制和机制。　　 在多学科理论指导下,运用一般系统结构论和博弈论的概念、模型和原理,对“北京高校科技创新体系”这一复杂的社会系统开展从理论基础到体系架构,从系统结构、系统行为到系统环境的深度研究,是本文的特色所在。　　 上述研究特色,使得本文具有如下三点创新:　　 创新点1:创造性提出北京高校科技创新体系的基本架构——由三大创新要素和三大创新主体构成的网络系统；　　 创新点2:首次提出了北京高校科技创新体系的结构模型,三类高校有不同的组织层次结构,并明确对高校科技创新体系功能发挥决定作用的基层次结构——高校基层学术组织:　　 创新点3:第一次构建了高校基层学术组织的入伙诚意博弈模型和创新博弈模型,系统性提出北京高校科技创新体系的运行机制——以知识产权制度为基础的创新质量基层考核与评价机制,以及“高校基层创新公积金”制度。　　 本文研究具有理论和实践两个方面的价值:一是为北京高校科技创新体系的建设提供应用基础理论依据；二是为政府相关决策机构和相关决策者提供具有针对性、可操作性的政策主张。