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目的：对内蒙古自治区结核分枝杆菌临床分离株进行分子分型研究，了解该地区结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成、主要流行株及其相关传播流行特征，进而为该地区结核病防治提供一定的基础科学依据。方法：1.于2011年1月至2012年6月收集内蒙古自治区结核病防治所从临床诊断为结核病的病人分离获得的500株分枝杆菌临床分离株及其背景资料和标准菌株H37Rv（ATCC27294），均由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所结核病实验室保藏并提供本研究使用。2.采用L-J培养基常规培养，收集菌体，提取全基因组DNA用于菌种鉴定和基因分型。3.用多位点PCR鉴定菌种。4.分别采用21MIRU-VNTR位点的多位点串联重复序列分析（MLVA）和间隔寡核苷酸分型（Spoligotyping）两种基因分型方法对已鉴定为结核分枝杆菌的临床分离株进行基因分型研究，同时应用BioNumerics5.0软件对分型结果进行聚类分析，并将Spoligotyping分型结果与国际SpolD4.0数据库进行比对，而其中的北京家族菌株的遗传特征则应用核转录因子（nuclear transcription factorsor neuronot，NTF）和大片段多态性（large sequence polymorphism，LSP）进一步分析探讨。5.采用SPSS13.0统计学软件、卡方检验（χ2test）分析内蒙古地区北京家族菌株与主要民族、性别、年龄、结核病类型及病例类型间的关系，从而探讨该地区北京家族菌株的流行传播机制。P≤0.05差异有统计学意义。结果：1.共收集500株分枝杆菌分别分离于500例临床诊断为结核病患者的痰标本。经多位点PCR鉴定，482株为结核分枝杆菌（MTB），用于进一步基因分型研究；另外18株为非结核分枝杆菌（NTM）。2.采用MLVA方法对482株结核分枝杆菌的21个VNTR位点进行检测，及BioNumerics软件进行聚类，可分为349个VNTR基因型，其中279株菌表现为独特基因型，203株表现为70簇，分别含有2或2株以上的菌株。成簇率为27.59%。3.经Spoligotyping分型，482株菌呈现出52个基因型，其中35株菌表现有独特基因型，其余447株菌成簇分别为17个基因型。其北京家族菌株为主要流行株，所占比率达到86.72%（418/482）。4. NTF分析北京家族菌株显示，69.62%（291/418）菌株表现为在NTF区存在1～2个IS6110的插入，称之为“现代型”，剩下30.38%（127/418）菌株表现为NTF区完整，即属于“古典型”。5. LSP中RD105的分析结果与Spoligotyping分型结果一致，在RD105表现缺失的418株结核分枝杆菌，在Spoligotyping分型中的35到43间隔区存在3～9个杂交，即表现为北京家族。然而，RD181分析表现为6.46%（27/418）的菌株中RD181完整，93.54%（391/418）的菌株中RD181缺失。这27株（21.26%，27/127）RD181完整的北京家族菌株在NTF都表现为“古典型”，但其余100株（78.74%，100/127）“古典型”北京家族菌株表现为RD181缺失。6. MLVA和Spoligotyping的比较，MLVA分辨率明显高于Spoligotyping，而Spoligotyping对北京家族的鉴定有利于MLVA进一步对该家族进行株水平的分析。7.内蒙古地区北京家族菌株与主要民族、性别、年龄、结核类型及病例类型间的关系分析，差异均无统计学意义（均为P＞0.05）。结论：1.内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株存在明显的基因多态性，且北京家族为该地区的主要流行株。2. RD105与Spoligotyping二者鉴定北京家族菌株的能力一致。北京家族菌株中“现代型”占主要，且RD181的分析显示其缺失发生早于NTF区IS6110的插入。3.内蒙古地区北京基因型菌株的传播在主要民族、不同的年龄段、性别、结核病类型及病例类型中的差异均无统计学意义，因此未能证明北京家族菌株在该地区的流行传播与上述因素相关。4. MLVA和Spoligotyping联合应用，对结核分枝杆菌进行株水平鉴定的能力明显增强。