2012年“中央一号”文件首次明确提出:“发展农产品电子商务等现代交易方式”。自2012年以来,我国“中央一号”文件已连续6年强调农产品电子商务企业发展的重要性。从银广夏、绿大地到近几年的三鹿毒奶粉、双汇瘦肉精等一系列因内部控制失效而引发一桩桩丑闻的传统企业事件,在给我国经济造成一次次动荡的同时,也引发了我国诸位学者对内部控制的思考,并为新兴并发展迅速的农产品电子商务企业的发展与内部控制管理敲响警钟。因此,有必要对农产品电子商务企业内部控制的有效性进行探讨。本文首先了解了农产品电子商务企业内部控制发展的背景,并借鉴国内外内部控制的相关参考文献,梳理整合内部控制相关理论,这在学习理论知识的同时也为下文的实证研究夯实了基础;其次,本文了解了农产品电子商务企业的发展现状以及农产品电子商务企业内部控制的发展现状;再次,根据上文的理论研究与对发展现状的了解,提出11个研究假设,借助Excel以及Stata软件,对样本公司2015——2017年的数据首先进行描述性统计分析以初步了解样本数据的特征,然后进行相关性分析以分析解释变量与被解释变量之间的相关性,再进行固定效应多元回归分析以求证解释变量与被解释变量之间的关系;最后根据实证分析结论提出针对提高农产品电子商务企业内部控制有效性的对策建议。经过一系列的分析得知,独立董事比例、高管薪酬、有网络安全评估、有风险提示及对策、有对物流的监控系统、披露内部控制自我评价报告与规则落实自评表、董事会下设委员会个数,与内部控制有效性之间的关系为,显著正相关。股权集中度、披露社会责任报告、召开股东会的次数,与内部控制有效性之间的关系为,正相关但不显著。有绩效考核与内部控制有效性不相关。其中最重要的是,发现了有网络安全评估以及有对物流的监控系统与农产品电子商务企业内部控制有效性显著正相关。这凸显出农产品电子商务企业内部控制有效性影响因素与传统企业的不同。以实证分析结论为基础,提出优化内部控制的内部环境、提高管理者风险意识、提升控制活动水平、加强内外部信息沟通、健全内部控制监督体系五大方面的建议。