本论文利用第一性原理密度泛函理论研究了Graphene和两种有机分子Perylene、FePc及在金属表面上的吸附特性、生长及其界面问题。　　 1)分别采用PAW-GGA和PAW-LDA方法计算了graphene在Ru(0001)表面的生长,结合实验给出了10Ru-11C的超元胞的稳定吸附构型,讨论了体系的态密度。利用简化的失配模型对该体系进行了计算,讨论体系的态密度、界面处相互作用机制、电荷转移以及由于应变引起的能隙问题,并与实验结果进行了对比,发现利用PAW-LDA方法得到跟实验更加一致的结论。　　 2)研究了Perylene和FePc分子在Au(111)表面随着覆盖度变化的生长问题。不同覆盖度下的Perylene和FePc分子构型几乎一样,另外讨论了两种分子跟基底的相互作用强弱问题,为后续工作作准备。两层FePc分子覆盖度时,第一层可以当作有机缓冲层。　　 3)利用Frenkel-Kontoroval模型、第一性原理计算和连续弹性力学理论,研究了Perylene和FePc两种分子在Au(111)表面自组装导致的重构变化,并在前一章计算的基础上讨论了变化的机制,这种变化在于分子间相互作用和分子-基底相互作用共同竞争的结果。　　 本论文的工作主要是低维表面上的理论计算,第一部分对于解释实验现象非常有用,第二部分对于纳米结构的生长、控制及其输运特性的理论和实验研究具有一定的参考意义。