本研究选取新疆地区典型水环境（湖泊，河流，城市污水处理厂）为考察对象，研究了抗生素耐药菌和抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes，ARGs）的污染现状，分析了在不同水环境中ARGs的分布差异。此研究结果反映了研究区域内ARGs的污染现状及其分布规律，为新疆地区ARGs的污染调查研究以及当地水污染控制的管理和决策提供了科学依据。（1）采集了新疆地区具有代表性的南北疆湖泊，河流以及城市污水处理厂的表层水样，对3类抗生素耐药菌和相对应的7种ARGs进行了研究。异养菌平板计数法对耐药菌的耐药性能进行了分析。成功提取水样的总DNA，PCR聚合酶链式反应扩增目的基因，荧光定量PCR测定抗性基因在不同的水环境中的表达量。（2）研究结果表明，抗生素类耐药菌广泛存在于本研究区域内。3类耐药菌的检出率均为100%，三类抗生素耐药菌的菌液浓度范围分别为：四环素类耐药菌（101.94~1012.27CFU/mL）；磺胺类耐药菌（103.47~1012.30CFU/mL）；大环内酯类耐药菌（101.91~1010.9CFU/mL）。三类耐药菌在各类水环境中分布的差异较大，其中污水处理厂的进出水中耐药菌的污染最为严重。（3）荧光定量PCR分析发现ARGs在水环境中的分布较广泛。除大环内酯类抗性基因ermA外，其余6种ARGs（磺胺类ARGs：sul1，sul2；四环素类ARGs：tetM，tetW，tetO；大环内脂类ARGs：ermB）均在水样中有不同程度的检出。自然水体（湖泊，河流）的ARGs相对定量结果显示：磺胺类ARGs>大环内脂类ARGs>四环素类ARGs。不同的水环境中ARGs的分布存在显著差异，其中博斯腾湖，玛纳斯河以及玛纳斯湖中ARGs的相对表达量较高，表明其已经受到了ARGs的污染。绝对定量结果显示，污水处理厂入水中四环素类ARGs的浓度最高，达到2.88×106copy/μl。并且，污水处理后仍检测到高浓度的抗性基因，部分抗性基因的拷贝数比入水中的值高出至少10倍左右，处理后的废水一旦排入环境，将对其他生态系统产生不利的影响。综上所述，新疆地区典型水环境中已经存在耐药菌和ARGs的污染。因此需要采取一定的措施控制ARGs的污染，同时杜绝抗生素的滥用。