任何政治权力系统都必须建立在权力合法性基础之上，方可得以稳定和巩固。政治权力合法性基础有两个层次，即政治制度和政府权力运行。运用这一理论工具分析，可以看到，新中国成立以来我国农村基层政治权力合法性诉求经历了三个阶段。1949—1978年这一段时间，意识形态成为农村基层政治权力合法性的主要基础。而改革开放以后，农村基层政治权力合法性基础则向有效性方向调整，经济成就成为衡量农民对基层政治权力认同的主要依据。但是，20世纪90年代以来，经济成绩越来越无法承担支撑农村基层政治权力合法性的这一重任。农村基层政治权力合法性不得不再次寻求新的基础。此时，结构性合法性基础成为合理的选择。而村民自治则提供了结构性合法性实施的载体。村民自治不仅提供了农村基层政治权力运行的制度化渠道，而且推动了地方政府权力运作的规范化。以此为基础，农村基层政治权力合法性基础必将再次得以实现合理性调整。