2015年1月1日,新修改的《环保法》确立了社会组织提起环境公益诉讼的制度,在经过全国人民代表大会常务委员会批准之后,赋予部分省、自治区、直辖市资格,以两年时间为限,由指定地区的检察机关主导环境公益诉讼的试点工作。2017年6月27日,我国正式起建立了检察机关提起环境行政公益诉讼制度。在经过两年时间试点后,检察机关从中累积了不少经验,但是紧接着进入了环境行政公益诉讼实践工作的深度开展阶段,使得我国这一制度的设计逐渐暴露出了一些短板,例如案件线索的来源途径单一、受案范围过窄、检察机关的调查核实权弱、诉讼中检察机关所承担的举证责任不明等问题,这对检察机关办理案件产生了不小的阻力,需要加以完善,以实现环境行政公益诉讼的制度优化,最终达到保护环境公共利益的目的。本文第一部分简要介绍我国检察机关提起环境公益诉讼的总体情况,分析现有相关立法规定内容和检察机关提起环境行政公益诉讼的法律凭据,用于对试点期间的经典案例深入研讨,了解我国环境行政公益诉讼这一制度的实践进展。第二部分以诉讼各环节的时间前后为序,针对当前检察机关在办理环境行政公益诉讼时引发的案件线索发现难、调查取证难、举证责任不明等一系列问题进行阐述,分析以上困境出现的原因,检视检察机关自身存在的问题。第三部分对比国外发达的环境行政公益制度,以英国、印度为例进行对比分析,从中探究哪些经验可以为我们国家所参考借鉴。第四部分对应先前提出的环境行政公益诉讼存在的现实问题,分别针对诉讼前、诉讼中、诉讼后所存在的困境提出行之有效的完善对策,例如通过充分运用人工智能,鼓励公众参与环境行政公益诉讼案件线索的举报,提高检察机关内部的办案水平,建立专门诉讼基金等方式,以此完备这一制度,促使其更加平稳、踏实运行。